平安末期，日本政府規定除了得到許可的入宋巡禮僧外，國人壹概不得出海。針對中國商船的頻繁來航有違日本緊縮方針的現象，制定了“每三年壹航”的規定。但從11世紀開始，莊園制進壹步成熟，貿易管理逐漸懈怠，宋商船的來航限制已有名無實。莊園領主和大宰府的商人們不再滿足於被動的貿易，開始秘密地向宋派出商船。到了平清盛掌權的平家時代，對外貿易的態度更加積極。
鐮倉初期，幕府沿用平氏方針，承認民間的自由貿易，日本商船赴宋更盛。到了中期，幕府也開始派自己的商船入宋。《宋史·日本傳》中，有宋朝1176年、 1183年、1183年、1200年、1202年日本商船漂至宋朝的記錄。“倭人冒鯨波之險舳艫相銜，以其物來售”，由此可推測到當時渡宋的盛況。 日本的貿易最初由大宰府管理，指定鴻臚館前的海岸為貿易港．宋船入港後，朝廷優先挑選購買宮中所需之物，然後再與民間交易，價格也由政府規定。到了鐮倉時代，有力貴族、寺院的莊園擴展到全國，而且擁有“不輸不入權”。宋商趁此機會，將船泊於莊園管轄的港口，避開大宰府，直接與莊園主進行密貿易。這樣，在九州的博多灣等海岸，出現了很多以莊園為依托的秘密貿易港，而鴻臚館則漸被荒廢。博多、箱崎等貿易港交易繁盛，赴日的宋商也多有長期居留於此者。
當時，從宋朝輸入日本的商品種類很多，有銅錢、織絹、香料、藥品、砂糖、茶葉、珍禽異獸等等，其中銅錢的輸入尤其值得註意。從北宋起，宋朝銅錢就開始大量外流，朝廷雖屢下禁令仍難以抑制，到了南宋壹度出現了“錢荒”。宋錢在日本流傳非常廣泛。
日本也有很多商品通過宋日貿易輸入宋朝，其中以工藝品居多。日本的時繪、螺鈿、水晶、扇子、刀劍等精美的工藝品，都極受宋人的喜愛。宋朝的著名詩人歐陽修有《日本刀歌》壹詩，贊美日本刀之精。宋日僧侶之間也常互贈工藝品。此外，建造寺院用的杉板、羅木和黃金也是主要的輸入品。
日本與元朝的關系並不好，由於忽必烈發動了兩次侵日戰爭，致使兩國交惡數十年。元日間雖無國交，但民間的商船往來卻相當頻繁，尤勝宋朝。
與宋日貿易不同的是，元朝時期兩國民間貿易的商船幾乎都是由日本駛往元朝的。元朝仿照宋制，在廣州、泉州、慶元設提舉市舶司，作為對日的貿易港。但因為地理位置的關系，絕大多數的日本商船都泊在慶元。日本的貿易港仍是博多，所以元日間的商船大都往來於此兩港之間。
日本船開到元朝後，由當地市舶司發給證明身份的文件——公憑和公驗，然後經過市舶司的抽分，方可進行貨物交易。
元朝輸入日本的商品主要有銅錢、經卷、書籍、佛教用具、茶具、繪畫等等，其中銅錢仍是主要的輸入品之壹。據載，“日本遣商人持金來易銅錢” ，說明中國銅錢在當時的日本還是很受歡迎的。雖然元朝政府曾壹再禁止銅錢外流，但大量的銅錢還是通過民間貿易輸入了日本。元朝的經卷、書籍輸入日本的量也很大。元弘年間輸入日本的宋版《壹切經》，就是日本商船帶回的。鐮倉時代社會上流傳的儒家、道家的經典，如《論語》、《老子》等都是從元朝傳入的。佛教用具和茶具在禪僧和上流社會中極為流行。自榮西從中國帶回茶種被大力提倡以來，喝茶之風在僧侶中已相當普遍。至於從日本輸入元朝的商品，雖無確切資料可考，但估計大體與宋代相同，主要是黃金、刀劍和螺鈿、扇子等工藝美術品。 在鐮倉時代，中日僧侶間的交往非常頻繁，出現了很多名留史冊的入宋僧。他們乘商船入宋，學習南宋的佛教和文化，再將其帶回日本。
鐮倉前期的入宋僧，繼承北宋時的入宋僧的傳統，即巡禮聖地，瞻仰佛跡。江南著名的禪宗五山十剎，尤其是徑山、天童山、育王山都是入宋僧必去之處。當時入宋僧主要進修律宗和禪宗。律宗傳入日本已久，但到平安中葉以後，日趨勢微。鐮倉正治年間，俊艿率弟子二人入宋，先後師從南宋五山十剎的高僧學習律宗，留學十三年方回。回國後，在京都開創泉湧寺，弘揚律宗。俊艿是入宋學習律宗的代表人物，其後，他的很多弟子也陸續入宋，進壹步傳習戒律。禪宗雖然早已傳入日本，卻壹直未能興盛。因此，禪宗的再次傳入也就成了必然的趨勢。榮西入宋後，師事黃龍派虛庵懷敞，學習臨濟禪，回國後開壽福寺、建仁寺，大力倡導禪風，日本禪宗從此開始興盛，榮西也被尊為日本臨濟宗的開山之祖。榮西之後，其弟子明全、道元也相偕入宋，道元在宋朝習得正統曹洞宗，成為日本曹洞宗之祖。其後又有圓爾辨圓、無關普門、約翁德儉等日本禪僧相繼入宋，宋末時達到入宋僧的高潮。
入宋僧除了學習佛教以外，還搜集了很多經書、教義和其它方面的典籍，帶回日本，最重要的是宋版《大藏經》。《大藏經》的傳入，直接和間接的刺激了日本印刷業的發展。除《大藏經》外，入宋僧還帶回了律宗、天臺宗、華嚴宗等宗派經卷上千冊。南宋儒學發達，儒家經典也是入宋僧的必攜品。俊艿就曾帶回儒家書籍 200余冊，圓爾辨圓也帶回典籍上千卷。這些典籍對於日後五山文學的興盛起到了重要作用。
除經卷和典籍外，入宋僧們還帶回了很多宋朝的佛具、藝術品和特產。據記載，曾三次入宋的俊艿，帶了佛舍利、普賢舍利、如庵舍利、釋迦碑文、水墨羅漢畫等物品回日本，其中水墨羅漢像對日本後世的羅漢像有很大影響。在入宋僧的隨攜品中，特別應該記述的是茶種。榮西將茶種和喝茶的風氣從宋朝帶到日本，並著《吃茶養生記》，使吃茶之風在禪僧中流行和興盛，以至後世有“茶禪壹味”之說。
隨著宋日交流的頻繁和日本禪宗的興起，除了日僧的大量入宋外，也有不少南宋僧人前往日本。據學者研究，鐮倉時代前往日本的宋僧***有14人 [4] 。最早的是1246年赴日的蘭溪道隆和他的弟子義翁紹仁。道隆先到京都，後受北條時賴之邀，去鐮倉開創了日本第壹個禪宗道場。1253年，時賴在鐮倉造建長寺，請道隆任住持。
道隆之後，南宋名僧兀庵普寧也於1260年抵達日本博多，後到京都，又受北條時賴之請到鐮倉，繼道隆之後住持建長寺。雖然普寧在日本只住了五年，卻很受北條時賴的尊敬和推崇，他所信仰的禪宗也很快在武士間流行，對後來禪宗與武士的結合起了很大作用。
普寧之後，又陸續有無相靜照、大休正念、西澗士曇、詮藏主、英典座和無學祖元等宋僧赴日。他們到日本後，在鐮倉武士間大力宣傳禪風，使很多武士都開始信仰禪宗。當時幕府的執權北條時賴甚至親自研習禪理，參禪悟道。禪宗“立處皆真、隨處為主”的宗旨，使武士們能看透生死，對日本武士道的發展有很大影響。
元朝建立以後，特別是文永、弘安之役後，入元的日僧日漸增多，可以查到姓名的有220余人之多。與入宋僧不同的是，入元僧除了研習佛教、體驗禪宗生活之外，遊覽江南的山川風物、體驗江南的情趣之美，也是目的之壹。江南的名寺古剎就是他們參謁的對象。
在入元僧回日的隨攜品中，有大量元朝禪僧的語錄。這些語錄，在日本作為範本翻刻重印，被日僧奉為經典，如《景德傳燈錄》、《五燈會元》等元代廣泛流傳的書，在日本也十分流行。這些禪宗語錄的翻印，促進了日本雕版印刷和出版事業的發展。入元僧還帶回了大量漢文書籍。受中國禪僧用文字表現禪法的風習，日本禪僧也開始用漢文作佛偈、寫法語，對日本漢文學的發展有不小的影響。
除了入元僧外，元朝僧侶赴日者也是絡繹不絕，但相對於入元僧來說，數量則要少的多。壹些著名的元朝僧人，受鐮倉幕府之邀，赴日主持寺院，發揚中國禪宗，對日本文化的各個領域都有很大的影響。
最早赴日的元僧是壹山壹寧。1299年，壹山壹寧受元朝政府派遣，搭乘日本商船到達日本。他到日本後，幕府執權北條貞時認為他是元朝奸細，將他流放到伊豆，數年後才請他到鐮倉，主持建長寺。壹山壹寧先後在鐮倉、京都廣開法席，宣講佛法，歷時20余年，極受日本臣民的尊崇。他在日本圓寂後，當時的上皇賜予國師的封號，並贊他為“宋地萬人傑，本朝壹國師”。壹山壹寧本身也是壹位知識淵博的學者，通曉歷史和文學，擅長書法，對日本的思想、文化等方面的發展有著不可忽視的影響。
壹山壹寧之後，北條氏屢屢派人入元，聘請元朝的高僧。清拙正澄、竺仙梵仙、明極楚俊都是受邀而赴日的。清拙正澄於1326年到達日本，先達京都，後到鐮倉，也曾主持過建長寺，是渡日元僧中最傑出的壹位。他還在信濃建開善寺，並與信濃和其他地方的有力武士關系密切，對武士們的禪宗信仰影響很大。他著有《大鑒略清規》等著作，對日本當時禪林的規矩和日後日本的禮法有相當的影響，武家禮法就是按照他制定的禪林規矩而制定的。明極楚俊和竺仙梵仙於1329年到達日本。他們到達時，已是鐮倉末期，戰亂不斷，但他們還是受到了幕府的優待，受聘為各地名寺的主持。他們積極宣揚禪法，感化了很多公卿武士。他們還擅長宋元詩文，對日本五山文學的發展有不小的作用。