南藥原指產於東南亞和非洲的藥材。西雙版納因其優越的氣候條件，藥用資源豐富，生長著不同和相關種類的南方藥材。藥材有蜂蜜、安息香、雲南蘿芙木、千年養生、京子、君子、七葉壹枝花、琥珀等幾十種。有些藥雖然和傳統的南方藥不太壹樣，但是功效和南方藥是壹樣的，也屬於南方藥。解放後，為了解決南藥嚴重短缺的問題，西雙版納在國家的支持和有關科研單位的支持幫助下，利用優越的自然條件發展南藥生產，使許多進口南藥在西雙版納生根發芽。泉州三市縣中，有壹市壹縣被列為雲南省藥材生產基地縣，泉州南藥種植面積達6000多公頃，是遠近聞名的南藥之鄉。
砂仁是西雙版納生產的主要南藥。姜科豆蔻屬這種多年生草本植物的果實具有行氣、健胃、消食的作用。中藥用於治療腹脹和疼痛、惡心和嘔吐、腸炎和痢疾。人們通過咀嚼或浸泡在葡萄酒中來治療胃腸疾病。這種藥材可種植的面積非常有限，但西雙版納的生態環境有利於砂仁的生長。據藥材部門20世紀50年代中期調查，泉州現有野生砂仁733公頃，生產面積340多公頃，年產量5200多公斤。西雙版納野生砂仁經中國醫學科學院藥用植物研究所等部門檢測鑒定，藥材品質優良，由藥材公司收購。
由於西雙版納具備發展砂仁生產的條件，中國醫學科學院草藥研究所和藥材部門從60年代中期開始有計劃地引進品質最好的砂仁。試種成功後，在景洪市和猛臘縣大面積推廣。泉州砂仁種植面積已超過4000公頃，產量已占全國砂仁總產量的20% ~ 25%。從西雙版納引進的砂仁，經國家有關部門組織專家鑒定，其性能和質量與其原產地相同。
爪哇小豆蔻是姜科多年生草本植物。其果實具有消食健胃的作用，主要用於嘔吐、惡心、嘔吐。西雙版納於70年代引種成功，每株每年可生長約15株。自然結實率壹般為20% ~ 40%，最高可達70%。在自然狀態下，每公頃可產225公斤。泉州已大面積種植200多公頃，部分豆蔻已開花結果，現有產量約3000公斤。目前引進面積居全國第壹。
蘿芙木在西雙版納傣語中被稱為“馬三段”，是壹種原始野生植物。蘿芙木根具有鎮靜、降血壓、促進血液循環和止痛的作用。用於治療高血壓、頭暈、失眠等疾病，是提取利血平和比南山長壽的原料。西雙版納雖然有野生蘿芙木，但存量有限。因此，20世紀60年代，中國醫學科學院藥用植物研究所開始引種蘿芙木、中國蘿芙木、印度蘿芙木等十余種蘿芙木屬植物。引種成功的蘿芙木中利血平含量高達0.1%，居國內首位。它已被用來制造“降壓靈”，並首次出口到阿爾巴尼亞。
此外，還有其他產於西雙版納的南藥，如兒茶、檳榔、檀香、肉桂、益智仁、蘇木、胖大海、雞血藤、千張紙、丁香、蘆薈、可可果、碧波、血竭、馬錢子、穿心蓮、牙谷子。除了南藥，西雙版納還有很多民族藥。據該州醫療衛生部門調查，共有男、傣藥1208種，《西雙版納傣藥誌》收集整理了300多種，其中8種已列入《中國藥典》，24種已列入《雲南藥標》。在植物界，陸英、五角楓和八角茴香都是具有特殊藥用價值的植物。在各個景點，還可以看到治療腎臟疾病的袋裝腎茶和“南人參”絞股藍，遊客可以選擇。
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