抑制細菌細胞壁的合成:抑制細胞壁的合成會導致細菌細胞的破裂和死亡。以這種方式起作用的抗菌藥物包括青黴素和頭孢菌素。哺乳動物細胞沒有細胞壁，不受這些藥物的影響。
與細胞膜的相互作用:有些抗生素與細胞膜相互作用，影響膜的通透性，對細胞是致命的。以這種方式發揮作用的抗生素是多粘菌素和短桿菌。
幹擾蛋白質的合成:幹擾蛋白質的合成，就是不能合成細胞生存所必需的酶。幹擾蛋白質合成的抗生素包括磷黴素、氨基糖苷類、四環素類和氯黴素。
抑制核酸的轉錄和復制:抑制核酸的功能會阻止細胞分裂和/或所需酶的合成。以這種方式起作用的抗生素包括萘啶酸和二氯吖啶。抗生素的臨床應用必須考慮以下基本原則:
(1)嚴格掌握能不能用的適應癥，盡量不用。除了要考慮抗生素抗菌作用的針對性，還要把握藥物的不良反應和內在過程與療效的關系。
(2)不明原因發熱者不應使用抗生素，但病情危重、高度懷疑感染細菌者除外。不明原因發熱者不宜使用抗生素，因為抗生素的使用往往使病原微生物難以檢出，並使臨床表現不典型，影響臨床診斷，延誤治療。
(3)病毒性疾病或估計為病毒感染的疾病，在沒有抗生素的情況下，對各種病毒感染沒有療效，用抗生素治療麻疹、腮腺炎、感冒、流感患者，也是無害無用的。心絞痛和上呼吸道感染的患者90%以上是由病毒引起的，所以除了能確定被細菌感染的人外，壹般不使用抗生素。
(4)盡量避免皮膚和粘膜的反應。抗生素使用後容易出現過敏反應和耐藥菌。因此，除了主要局部使用的抗生素如新黴素、桿菌肽外，其他抗生素尤其是青黴素G的局部應用應盡量避免。在使用抗生素治療眼黏膜和皮膚燒傷時，應選擇合適的時間和劑量。
(五)嚴格控制預防性抗生素的範圍在下列情況下可用於預防性治療:
1.風濕熱患者應定期給予青黴素G，消除咽部溶血性鏈球菌，防止風濕熱復發。
2.風濕性或先天性心臟病手術前後使用青黴素G或其他合適的抗生素，以預防亞急性細菌性心內膜炎。
3.在切除感染病竈時，應根據病原體的敏感性選擇合適的抗生素。
4.戰傷或復合創傷後，青黴素G或四環素族用於預防氣性壞疽。
5.結腸手術前腸道準備使用卡那黴素和新黴素。
6.嚴重燒傷後，植皮前用青黴素G消除創面溶血性鏈球菌感染。或根據傷口細菌及藥敏結果，使用適當的抗生素預防敗血癥。
7.慢性支氣管炎、支氣管擴張患者冬季可給予預防性抗生素(限門診)。
8.腦外科手術前1天應用抗生素可預防感染。
(六)強調綜合治療的重要性在使用抗生素治療感染性疾病的過程中，要充分認識到人體防禦機制的重要性，不能過分依賴抗生素的療效而忽視人體內部因素。當人免疫球蛋白的質量和數量不足，細胞免疫功能低下，或吞噬細胞的性能和質量不足時，抗生素治療很難有效。因此，在應用抗生素時，應盡量改善患者的壹般狀況；采取各種綜合措施改善機體的低抵抗力，如降低患者過高的體溫；註意飲食和休息；糾正水、電解質、堿的失衡；改善微循環；補充血容量；和局部病變的治療。