組織協調局機關日常工作；負責局機關文電、會務、督查、信息、文書檔案、機要保密、安全保衛、年鑒史誌、辦公自動化、新聞宣傳、安全保衛、車輛管理和後勤服務等工作。
（二）人事科
負責機關和直屬事業單位的人事管理、機構編制、教育培訓工作；擬訂全縣衛生人才發展規劃、政策並組織實施；組織指導衛生專業技術培訓工作；指導全縣繼續醫學教育工作，承擔組織開展行業繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；負責機關和直屬事業單位離退休人員管理工作；負責機關和直屬事業單位計劃生育工作；負責本單位戶籍管理工作；組織開展衛生行業精神文明工作；負責幹部保健工作；負責局機關和直屬事業單位黨群工作。
（三）財務
擬訂全縣衛生事業發展規劃和年度計劃，監督、管理醫療收費；擬訂衛生財務管理規章制度；負責國家財經法規的宣傳、貫徹、監督；負責組織制定衛生財務、審計、統計、裝備、基本建設等管理工作的實施辦法；負責本系統財務管理、審計監督工作；負責局機關國有資產管理工作；負責編制衛生部門財務報表、年報、醫療衛生統計報表等工作。負責醫療衛生單位大型醫療設備購置和貸款項目的審批；指導基層衛生系統建設。
（四）業務
負責醫療機構醫療服務全行業監督管理；承擔實施執業醫師、護士資格制度工作；協調醫療糾紛；依法監督管理臨床用血質量；負責衛生應急工作；負責食品安全綜合協調工作，依法組織開展重大食品安全事故的調查處理。貫徹執行衛生法律、法規、標準；負責衛生行政復議、行政訴訟、行政執法工作；承擔職業、放射、環境、學校衛生監督管理工作；承擔公共***場所、生活飲用水和消毒產品等衛生安全監督管理工作；負責醫療廣告審查工作；承擔傳染病防治監督管理和醫療市場監督管理工作，整頓和規範醫療市場秩序 負責傳染病防治監督管理和醫療市場監督管理工作，整頓和規範醫療服務市場秩序。負責農村衛生管理、初級衛生保健和衛生防疫、婦幼社會衛生工作；協同有關部門監督指導計劃生育技術服務工作；指導社區衛生服務體系建設；負責新型農村合作醫療的綜合管理工作。負責疾病預防控制工作；負責組織實施國家基本藥物制度工作；負責全縣中醫藥工作；負責縣愛國衛生運動委員會的日常工作。
（5）紅十字會辦公室
備災救災工作；依法組織開展捐贈活動；開展人道主義和初級衛生保健培訓等社會公益服務活動；開展造血幹細胞捐獻的宣傳、動員和組織工作；組織開展青少年紅十字活動；組織誌願者開展社會服務和社區紅十字服務；積極參與 "新農合 "工作。"新農合"；艾滋病預防宣傳教育；無償獻血宣傳和推廣；遺體（器官）捐獻宣傳、登記和日常管理。
（六）衛生執法辦公室
主要負責衛生工作法律法規執行情況的監督檢查，抓好貫徹落實。
（七）藥品招標辦
主要負責藥品招標采購工作，規範醫療藥品采購行為，保證藥品質量，降低采購成本。
（八）新型農村合作醫療管理辦公室
制定全縣新型農村合作醫療制度規劃和相關規章制度；制定新型農村合作醫療基金管理和使用的規章制度；定期對定點醫療機構和各鄉鎮新型農村合作醫療工作進行指導和監督。