合理應用青黴素類獸藥的原則是：
（1）青黴素類獸藥的適應癥。青黴素G對革蘭氏陽性菌引起的大多數疾病如呼吸道感染、肺炎、支氣管炎、豬登革熱、炭疽、敗血癥等均有較好療效；對青黴素G耐藥的金黃色葡萄球菌引起的呼吸道感染、敗血癥等可選用苯甲酸芐青黴素、鄰氯青黴素、雙氯芬那西林等。
（2）青黴素類獸藥的體內分布。青黴素之所以有效，除了其獨特的抗菌特性外，還與藥物在體內的分布有著密切的關系，只有藥物在感染部位達到有效的抗菌濃度才能發揮其作用。青黴素類獸藥對酸不穩定，內服效果差或無效，肌肉註射後吸收快而完全。壹般情況下，肌肉註射 100 萬單位在 0.5 小時內達到血藥濃度峰值。吸收後迅速分布於各組織。在腎、肺、橫紋肌和脾臟中含量較高，也可進入漿膜腔、關節腔、膽汁和胎兒動物循環；在中樞神經系統、骨骼、乳汁、唾液、膿腫部位含量較低。註射量約 70% 的青黴素在 6 小時內通過腎臟排出體外，少量從膽汁中排出並在體內失活。
在應用青黴素類獸藥時，必須考慮上述兩個因素，以達到最佳治療效果。