《本草綱目》全書約192萬字，收集藥物1892種，載入藥方11096年，附圖1160幅，其規模超過過去任何壹部本草書。同舊本草書相比，《本草綱目》新增藥物374種，新增藥方是舊本草書的4倍。
《本草綱目》***53卷。卷1—3概述本草歷史和藥性理論；卷3—4為“百病主治藥”，以病原為綱羅列主治藥，較前代以病名為綱又深化了壹步；卷5—53分部別類論述名藥，將189種藥物分為水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等16部，有的部分若幹類，如草部又分60類。每藥標正各為綱，綱之下列目，綱目清晰。各藥又分釋名、集解、辨疑、修治、氣味、主治、發明、附方和53解說。書中內容十分廣泛，既是壹部明以前集大成的藥物學巨著，又是包含極為豐富的動、植、礦物及其他自然科學知識的博物學著作。
《本草綱目》的成就首先在於打破了以往的藥物分類法(上、中下三品)，采取了“析族區類，振綱分目”的科學分類法。它把藥物分為礦物藥、植物藥、動物藥三大類。礦物藥分金、玉、石、鹵石四部；根據植物的性能、形態及生長環境，植物藥分草、谷、菜、果、木五部；按照低級向高級進化的順序，動物藥分蟲、鱗、介、禽、獸、人六部。部下面再分為不同的類，類下面又細分為不同的種，這種由無機到有機、由簡單到復雜、由低級到高級的分類法在當時是相當先進的。尤其是對植物的分類法，要比西方植物分類學創始人林奈提出的類似的植物分類法早近二百年。
《本草綱目》不僅是壹部藥物學巨著，而且在化學、地質學、天文學等領域，也有所建樹：在化學史上，《本草綱目》較早記載了純金屬、金屬、金屬氯化物、硫化物等壹系列的化學反應以及蒸餾、結晶、升華、沈澱、幹燥等現代化學操作方法；李時珍還正確指出，月球和地球壹樣，都是具有山河的天體，“竅謂月乃陰魂，其中婆娑者，山河之影爾。”
《本草綱目》系統總結了我國明代中期以前藥物學的巨大成就，把古代醫藥科學水平提到壹個嶄新的高度。魯迅先生說這部著作“實在極可寶貴”，“含有豐富的寶藏”，其中“大部分的藥品的功用，卻由歷久的經驗，這才能夠知道到這程度”。
《本草綱目》對世界醫藥學的發展也做出了重要貢獻。公元1606年，首先傳人日本；1647年，波蘭人將《本草綱目》中的植物部分摘譯成拉丁文，取名《中國植物誌》。此後又譯成多種文字，影響遍及世界。西方稱此書為“東方醫學巨典”，並不為過。