負責起草食品安全(含食品添加劑、保健食品，下同)、藥品(含中藥、民族藥，下同)、醫療器械、化妝品等法律法規草案，制定政策規劃，制定部門規章，推動建立落實食品安全企業主體責任和地方人民政府負總責的機制，建立食品藥品重大信息直報制度，組織實施和監督檢查，著力防範區域性、系統性食品藥品安全風險。
負責制定食品行政許可實施辦法並監督實施。建立食品安全隱患排查治理機制，制定國家食品安全檢查年度計劃，組織實施重大整改治理方案。負責建立統壹的食品安全信息發布系統，發布重大食品安全信息。參與制定食品安全風險監測計劃和食品安全標準，並根據食品安全風險監測計劃開展食品安全風險監測。
負責組織制定和公布國家藥典等藥品和醫療器械標準及分類管理制度，並監督實施。負責制定藥品和醫療器械研發、生產、經營和使用的質量管理標準並監督實施。負責藥品和醫療器械的註冊、監督和檢驗。建立藥品不良反應和醫療器械不良事件監測體系，開展監測和處置。制定和完善執業藥師資格準入制度，指導和監督執業藥師註冊工作。參與制定國家基本藥物目錄，配合實施國家基本藥物制度。制定化妝品監督管理辦法並監督實施。
負責制定食品、藥品、醫療器械、化妝品監督管理檢查制度並組織實施，組織查處重大違法行為。建立缺陷產品召回和處置制度並監督實施。
負責食品藥品安全事故應急體系建設，組織指導食品藥品安全事故應急處置和調查處理，監督事故調查實施。
負責制定食品藥品安全科技發展規劃並組織實施，推進食品藥品檢驗檢測體系、電子監管追溯體系和信息化建設。
負責食品藥品安全宣傳、教育培訓、國際交流與合作。推進信用體系建設。指導地方食品藥品監督管理，規範行政執法，完善行政執法與刑事司法的聯動機制。
承擔國務院食品安全委員會的日常工作。負責食品安全監督管理的綜合協調，推進和完善協調聯動機制。對省級人民政府履行食品安全監督管理職責情況進行監督檢查，並負責考核評估。
承辦國務院和國務院食品安全委員會交辦的其他工作。