1.“長沙馬王堆壹號漢墓古屍研究”獲全國科學大會獎；
2.“常用中藥材品種整理與質量研究”獲國家科技進步壹等獎；
3.“藏紅花鱗莖復壯、增產技術及推廣研究”獲國家科技進步二等獎；
4.“中藥材同名異物、貝母、金銀花、大黃、石斛品種的系統研究”獲國家科技進步三等獎；
5.“常用中成藥質量檢測技術”獲國家中醫藥管理局科技進步壹等獎；
6.《中草藥粉末顯微鑒定》獲中華人民共和國和國家新聞出版署頒發的國家優秀圖書科技進步壹等獎；
7.《銀杏葉提取物——總黃酮和總內酯》獲國家中醫藥管理局中醫藥科技進步壹等獎；
8.“生脈散復方化學成分動態變化與藥效關系的研究”獲國家中醫藥管理局中醫藥基礎研究壹等獎；名古方生脈散基礎研究獲中國中西醫結合學會科技進步壹等獎(省部級)；
9.“藥用植物校內實習基地的建設與教學實踐”獲國家教委國家教學成果二等獎。
10.66種常用中藥材獲國家科技進步二等獎。
編著出版了《生藥學》、《方劑學》、《中藥制藥工程原理與設備》、《常用中藥品種整理與研究》、《中藥顯微鑒定》、《中國藥理學》、《中藥慈海》、《常用毒性中藥圖解》等數十本書和《中藥實驗課》系列教材，每年在國內外刊物上發表論文數百篇。近年來發表論文1079篇，被SCI收錄論文281篇，申請專利42項(其中國際專利5項)，授權專利28項。
學院重視產學研結合，與天津中藥集團、恒瑞醫藥股份公司、連雲港鄭達天晴藥業集團、康源藥業等多家大中型企業建立了良好的合作關系。觀復A，國家壹類新藥，已獲得新藥證書，投入試生產。原料藏紅花素和藏紅花素片獲得了國家二類新藥證書。此外，壹批壹類、二類、三類新藥正在研發中。以中藥新藥開發為重點的應用研究項目，每年經費約500萬元。在新藥研發方面，學院各學科齊全完整，所有臨床前工作均可在院內完成。國家新藥審評委員會成員10人，涵蓋中藥新藥審評所有學科。