當醫保檢查發現藥店藥品帳目不相符時，可能存在以下幾種情況：
1.藥品銷售記錄不準確：藥店的藥品銷售記錄可能存在誤差，導致帳目不相符。這可能是由於員工失誤、系統故障等原因造成的。
2.藥品庫存管理不規範：藥店的藥品庫存管理可能存在漏洞，導致帳目不相符。例如，藥品的入庫、出庫、盤點等流程可能不規範，導致藥品實際數量與帳面數量不符。
3.違規操作：某些藥店可能存在違規操作，例如篡改藥品銷售記錄、虛報藥品庫存等，以騙取醫保基金。這些行為可能導致帳目不相符，並且是違法的。
針對以上情況，可以采取以下措施：
1.檢查藥品銷售記錄：對藥店的藥品銷售記錄進行檢查，確保其準確無誤。如有誤差，需要及時更正。
2.規範藥品庫存管理：建立完善的藥品庫存管理制度，確保藥品的入庫、出庫、盤點等流程規範、準確。同時，需要定期對藥品庫存進行盤點，及時發現並糾正問題。
3.加強監管力度：醫保部門需要加強對藥店的監管力度，定期進行監督檢查，發現違規行為及時進行處理，並追究相關人員的責任。
4.加強員工培訓：藥店需要對員工進行培訓，提高他們的專業素養和職業道德水平，避免因員工失誤或違規操作而導致帳目不相符的問題。
綜上所述：醫保檢查藥店藥品帳目不相符的問題可能涉及多個方面，包括藥品銷售記錄不準確、藥品庫存管理不規範、違規操作等。針對不同的情況，需要采取相應的措施進行糾正和預防。同時，加強監管力度和員工培訓也是非常重要的。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》規定：“參保人員不得利用其享受社會保險待遇的機會轉賣藥品，接受返還現金、實物或者獲得其他非法利益。”
《醫療保障基金使用監督管理條例》規定：“醫療保障經辦機構應當加強對定點醫藥機構履行協議情況的監督檢查，發現定點醫藥機構存在違反協議行為的，應當督促其改正；涉嫌欺詐騙保的，應當及時向醫療保障行政部門報告。”
《中華人民***和國藥品管理法》規定：“藥品經營企業應當遵守國務院藥品監督管理部門制定的藥品經營質量管理規範，確保藥品的質量安全。”