藿香正氣水和藿香正氣丸的主要成分都是壹樣的，它們的作用也差不多，都可以用來治療暑濕感冒，頭痛身重胸悶，或惡寒發熱，脘腹脹痛，嘔吐泄瀉等癥狀。但它們的劑型卻有很大區別，壹個是丸劑，另壹個是水劑，這就導致了它們的功效有所區別。
藿香正氣水是液體劑型，裏面含有酒精和揮發油，能促進胃液分泌，增強食欲和消化機能，並對胃腸有解痙作用，因此它的見效非常快，可以解表化濕，理氣和中。藿香正氣丸是用蜂蜜煉制成的蜜丸，它的作用發揮相對緩慢，藥效比較持久，功效重在化濕和胃，而解表散寒之力則略遜，因此適用於慢性病長期服用。對於不能飲酒的病人來講，服用藿香正氣丸比較好。另外，藿香正氣丸適用於急性胃腸炎屬濕滯脾胃，外感風寒者服用。
如何正確服用藿香正氣丸
1、霍香正氣丸目前尚未知有副作用反應，但有高血壓、心律失常、心臟病、肝病、腎病等嚴重慢性病患者，孕婦或正在接受其他治療的患者，應當在醫師指導下服用。
2、不可過量服用霍香正氣丸，應當嚴格按照用法用量服用，嬰幼兒、年老體虛患者應在醫師指導下服用。
3、患者服用三天後，癥狀無緩解，或出現其他嚴重癥狀時，應停藥，並去醫院就診。
4、不宜在服藥期間同時服用滋補性中成藥等，畢竟是藥三分毒，亂服藥可能會出現不良反應。
5、過敏體質者慎用，對藿香正氣丸過敏者應當禁用。長期服用應向醫師咨詢，兒童必須在成人監護下使用。
6、過期的藿香正氣丸禁止使用，不可將藿香正氣水和藿香正氣丸同時服用，否則容易引起身體不適。