光譜方法。該方法是基於有機磷農藥中的某些官能團或水解還原產物與特殊顯色劑在特定條件下發生氧化、磺化、酯化、絡合等化學反應，產生特定波長的顯色反應，進行定性或定量(限量)測定。
高效液相色譜是在液相色譜柱色譜的基礎上，引入並改進氣相色譜理論而發展起來的色譜分析方法。高效液相色譜法在農藥殘留分析中的應用越來越廣泛，因為高效液相色譜法適用於沸點高且不易汽化、熱不穩定、極性強的農藥及其代謝產物的分析；並且可以與柱前提取、純化、柱後熒光衍生反應、質譜等結合，易於實現分析自動化；同時，壹些新型檢測器的出現在壹定程度上提高了HPLC的檢測靈敏度。與氣相色譜法相比，它不僅分離效果好、靈敏度高、檢測速度快，而且應用範圍廣。
酶抑制法。有機磷農藥對哺乳動物毒性作用的基礎通常與它們抑制中樞和外周神經系統膽堿酯酶的能力有關。酶抑制法是壹種基於有機磷農藥毒理學特性的快速檢測方法。由於有機磷農藥能抑制乙酰膽堿酯酶的活性，使乙酰膽堿酯酶分解的速率減慢和停止，然後以紙或電極(即紙法和膜電極法)為載體將乙酰膽堿酯酶吸附在其上。如果不抑制酶的活性，則生成基質水解產物，並通過使用顯色劑或顯色基質顯色。另壹方面，如果被測樣品含有農藥殘留，酶的活性會受到抑制，基質不會水解，遇到顯色劑也不會顯色。這樣，有機磷農藥就可以通過紙張的顏色變化或電極的讀數指示變化來確定，並可以與標準有機磷農藥相比較進行定量。
酶聯免疫吸附試驗(ELISA)是20世紀60年代發展起來的壹種新的檢測方法。起初，這種方法主要用於檢測病毒、細菌和蛋白質等較大的結構或分子，其應用範圍主要集中在醫學上。20世紀70年代末，隨著科學技術的發展，酶聯免疫吸附法開始延伸到生物毒素、農藥殘留、抗生素殘留等小分子物質的檢測。