研究領域和培養方向不同
生物制藥，即把生物工程技術應用於藥物生產領域，從而獲得生物制藥的過程、將生物工程技術應用於藥物生產領域，從而獲得生物制藥的過程；制藥工程涉及化學制藥、中藥制藥等領域 制藥工程專業涉及化學制藥、中藥制藥、生物制藥、農藥等領域，以工程化為主，側重於利用化學工藝制造和生產藥物。
課程設置不同
生物制藥課程：生物化學、微生物學、微生物與免疫學、分子生物學、藥理學、藥物化學、藥物分析、藥劑學、基因工程原理。制藥工程：有機化學、無機化學、生物化學、化學工程原理、藥物化學、藥理學、藥劑學、藥物合成與反應、藥物加工。
生物制藥是指利用微生物學、生物學、醫學、生物化學等方面的研究成果，從生物體、生物組織、細胞、器官、體液等方面出發，綜合運用微生物學、化學、生物化學、生物技術、藥學等科學原理和方法，制造用於預防、治療和診斷的壹類產品。
生物制藥原料主要是天然生物材料，包括微生物、人體、動物、植物、海洋生物等。
原料
生物制藥原料以天然生物原料為主，包括微生物、人體、動物、植物、海洋生物等。隨著生物技術的發展，以人工生產為目的的生物原料成為生物制藥原料的主要來源。如通過免疫獲得的動物原料、改變遺傳結構的微生物或其他細胞原料等。
生物藥具有藥理活性高、毒副作用小、營養價值高等特點。生物藥主要有蛋白質、核酸、糖類、脂類等。這些物質的組成單位有氨基酸、核苷酸、單糖、脂肪酸等，不僅對人體無害，還是重要的營養物質。
研發投入現狀
生物制藥是利用生物生產藥物的方法。例如，利用轉基因玉米生產人的抗體，轉基因牛乳腺表達人的α1抗胰蛋白酶。生物制藥產業前景廣闊，世界上壹半的藥品已被生物合成，它將廣泛用於治療癌癥、艾滋病、冠心病、貧血、發育不良、糖尿病等多種疾病。
已應用於制藥的抗生素絕大多數來自微生物，如紅黴素、潔黴素等，註射用青黴素、鏈黴素、慶大黴素等。我國從事生物技術產業研究、開發、生產和經營的人數僅相當於美國生物技術產業人數的1/4。
而從事生物醫藥產品研發的人才更是嚴重短缺，人才短缺已成為制約我國生物醫藥產業發展的瓶頸。