主要區別：
1、藥店裏面的執業藥師是執業藥師，執業藥師考過以後是藥店用的，初級藥師是技術職稱，也就是說，妳通過了初級藥師的考試，就可以讓單位聘用妳，拿到初級職稱。
2、國家規定每個藥店必須配備壹名執業藥師，其實就是通過執業藥師考試拿到執業藥師證，就可以去藥店工作了。
3、取得藥學、中藥學或相關專業本科學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿三年，方可報考執業藥師。
4、所謂初級是指職稱，職稱等級為：初級、中級、副高、正高。
擴展資料
執業藥師是指經全國統壹考試合格，取得《執業藥師資格證書》並註冊取得《執業藥師註冊證書》，在藥品生產、經營、使用單位中執業的藥學技術人員。藥學技術人員是指具備藥學專業知識，取得藥學專業技術職稱，從事藥學工作的技術人員。執業藥師是藥學技術人員的壹部分，藥學技術人員不壹定是執業藥師，但執業藥師必須是藥學技術人員。
執業藥師報考條件
凡中華人民共和國公民和允許在中國境內就業的其他國籍人員，符合法律規定並具備下列條件之壹者，均可參加執業藥師資格考試：
（壹）取得藥學、中藥學或者相關專業中專學歷，從事藥學、中藥學專業工作滿七年；
（二）取得藥學、中藥學或者相關專業大專學歷；
（三）取得藥學、中藥學或者相關專業高級文憑。
(二) 取得藥學、中藥學或相關專業大專學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿5年；
(三) 取得藥學、中藥學或相關專業大學本科學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿3年；
(四) 取得藥學、中藥學或相關專業第二學士學位，研究生班畢業或取得碩士學位。衛生部、人事部印發的《預防醫學、全科醫學、藥學、護理學等衛生技術專業資格考試暫行規定》（衛人事發[2001]164 號）的人員，可以報名參加資格考試。164號）中報名條件的人員可報名參加相應級別的考試。
藥學：
報名參加初級藥士/藥師/主管藥師資格考試的人員，要遵守中華人民***國憲法和法律，具有良好的醫德醫風和敬業精神，同時具備以下相應條件：
（壹）參加藥士資格考試的人員
1、取得藥學專業中專或大專學歷，從事本專業技術工作滿1年。從事本專業技術工作滿1年。
（二）執業藥師資格考試
1、取得藥學專業中專學歷，受聘為執業藥師滿5年；
2、取得藥學專業專科學歷，從事本專業技術工作滿3年；
3、取得藥學專業本科或碩士學位，從事本專業技術工作滿1年。
（三）參加中級資格考試
1、取得藥學專業中專學歷。取得藥學專業中專學歷，受聘為執業藥師滿7年；
2.取得藥學專業專科學歷，受聘為執業藥師滿6年；
3.取得藥學專業本科學歷，受聘為執業藥師滿4年；
4.取得藥學專業碩士學位，受聘為執業藥師滿1年。獲得藥學碩士學位，受聘為藥劑師 2 年；
5.獲得藥劑學博士學位。
有下列情形之壹的，不得報名參加藥學專業技術資格考試：
（1）醫療事故責任者未滿3年。
（2）醫療事故責任者未滿1年的。
（3）受行政處分者在處分期內。
（4）學歷造假或考試期間有違紀行為未滿2年者。
（5）省衛生行政部門規定的其他情形。
報名條件中關於學歷的要求，是指經國家教育行政部門認可的院校畢業並取得學歷或學位；關於工作年限的要求，是指取得上述學歷前後從事本專業工作的總時間。工作年限的計算截止時間為考試報名當年年底。
對符合報考條件的人員，不受單位性質和戶籍限制，均可根據本職工作選擇報考專業類別參加考試。
相關說明：
1、報考人員必須是經有關部門批準的在醫療衛生機構從事藥學工作的人員；
2、報名參加初級藥師/藥士/主管藥師資格考試的人員，報名條件中有關學歷的要求，是指國家承認的國民教育學歷；工作年限計算截止到考試報名當年年底。考試報名年度為當年年底。
所學專業必須與報考專業對口（或相近），如學習藥學類專業，只能報考藥師資格，不能報考護士資格，以此類推。
3、《暫行規定》中規定的醫療事故責任等情形不得參加考試。
根據《內地與香港關於建立更緊密經貿關系的安排》補充協議六、《內地與澳門關於建立更緊密經貿關系的安排》補充協議六和原人事部《關於做好香港、澳門居民參加內地專業技術人員資格統壹考試有關問題的通知》（國人部發[2005]9號）、《商務部關於做好香港、澳門居民參加內地專業技術人員資格統壹考試有關問題的通知》（國人部發[2005]9號）、《商務部關於做好香港、澳門居民參加內地專業技術人員資格統壹考試有關問題的通知》（國人部發[2005]9號9號）、《商務部關於內地與香港、澳門〈關於建立更緊密經貿關系的安排〉補充六〈關於修改有關法律法規的函〉的通知》（商臺函〔2009〕23號）的要求，已於2009年1月1日起在全國範圍內實施。23號）要求，已在內地取得《執業藥師資格證書》的香港、澳門永久性居民申請在內地執業註冊的，除按規定提交註冊申請材料外，還須出具《臺港澳人員就業證》、《香港執業藥師證》或《澳門執業藥師證》。執業藥師資格證》或《澳門執業藥師資格證》原件，同時提交復印件，執業單位應與《臺港澳人員就業證》上註明的用人單位壹致。
參考資料
百度百科-執業藥師
百度百科-藥學職稱考試
國家食品藥品監督管理局-港澳永久性居民執業藥師註冊