制藥工程專業畢業後可到制藥工程(或醫藥生物技術)領域相關的生產企業、營銷企業、科研院所、藥品監督管理部門等企、事業單位從事藥品生產、管理、營銷、檢驗監督和研發等工作。也適於報考生物技術、藥學及相關專業的研究生。
二、制藥工程就業前景如下：
醫藥產業已成為世界經濟強國競爭的焦點，世界上許多國家都把建立醫藥品工業視為國家強盛的壹個象征。新藥的不斷發現和治療方法(如基因研究)的巨大進步，促使醫藥工業發生了非常大的變化。因此，無論是藥品，還是過程技術都需要新型制藥工程師，這類人才掌握最新技術和交叉學科知識、具備制藥過程和產品雙向定位的知識及能力，同時了解密集的工業信息並熟悉全球和本國政策法規。正如前面已經提到的，2003年中國制藥企業***5082家，生產藥品的工業企業約3000家，生化制藥企業300余家，其中現代生物制藥企業47家;生產中藥(包括天然藥物)產品的企業約1600家，其中專門生產中藥(包括天然藥物)產品的155家。另外，還有藥品批發企業16.7萬多家，藥品零售企業12萬家，醫療機構6萬家。這些企業都在對制藥工程專業人才有較大的需求量。
中國已有100多所高校設置了制藥工程專業，如果按每個專業招收60名學生計算，每年將有6000多名制藥工程專業的畢業生走向社會。2003年以制藥工程專業的名義招收的學生已經走向了社會，第壹屆畢業生的畢業人數不是很多，整體就業率還不錯。2004年第二屆畢業生也已畢業，就業情況非常不錯。這中間有壹些學生進入了研究生階段的學習，很少部分出國留學，但是大部分都在國內各種崗位上工作，主要去向有企業、高校、研究機構、其他行業。從專業對口程度來說，大部分學生從事與"藥"有關的工作，但也有壹定比例的學生去了與專業不太相關的工作崗位。2004年，制藥工程專業招生情況非常火紅，不少學校的錄取分數線排列在本校錄取分數的前3名，這對提高制藥工程專業的生源質量是壹個非常好的契機。但必須看到在"招生繁榮"背後更深層次的問題，譬如培養的質量、師資隊伍的建設、就業壓力等。招生規模的持續擴大，在讓更多的年輕人接受高等教育、提高整個民族文化素質的同時，人才市場競爭日趨激烈，再加之不少畢業生在就業觀念方面存在的壹些偏差，會給畢業生的壹次就業率產生較大的影響。這些因素最終會影響到專業的建設和健康發展。
三、制藥工程主要課程：
無機化學、有機化學、儀器分析、分析化學、生物化學、物理化學、化工原理、現代分子生物學、生物技術制藥、制藥工程、藥物合成反應、藥物化學、藥理學、藥劑學、天然藥物化學、應用光譜解析、制藥工藝學、藥用高分子材料、制藥分離工程、藥物分析、制藥裝備與車間設計(制藥工程實訓)、藥事管理學、藥品營銷等，部分中藥制藥學科還包括藥用植物學，中藥學，方劑學，中藥化學，中藥藥劑學，中藥炮制學，中藥制劑分析，中藥藥理學。