1.1 樣品元基因組提取的核心思想：
盡可能多地獲取樣品中各種微生物的基因組 DNA。
1.2 樣品元基因組提取的重要性：
盡可能多地獲取樣品中各種微生物的基因組 DNA，為後續樣品的分析和比較提供完整的微生物種類及其豐度信息。否則，分析過程就是 "浪費時間"。
1.
1.3 關於樣本的壹些想法：
a) 采集樣本的難易程度；
b) 樣本的價值；
c) 如何盡量減少單個樣本的使用量，以幫助客戶完成研究目標；
d) 如何在實驗開始前確保客戶結果的準確性；
e) 如何確保復雜環境中樣本的準確性；
f) 如何確保客戶結果的準確性；
g) 如何確保復雜環境中樣本的準確性。如何更全面地獲取復雜環境中的樣本基因組。
1.4 元基因組提取的主要原理（核心步驟）：
①通過高溫化學裂解和物理打擊充分裂解細胞； ?
②離心去除雜質、抑制劑等；去除破碎細胞中的蛋白質；
③純化DNA；？
④消化RNA。
1.5 元基因組提取的主要過程：
1）樣品制備：
樣品在-80℃下保存；
為避免樣品反復凍融，影響樣品的微生物組成，樣品全部在冰盒或幹冰中提取和轉移。
2) 化學裂解+物理振打
I. 化學裂解：
作用：
1：用化學方法破壞細胞膜和細胞核膜，使細胞內容物充分釋放。
II.物理打擊：
作用：對細胞膜難以裂解或裂解不充分的微生物，利用玻璃珠碰撞產生的剪切力進行物理幹預破壞；
材料：玻璃珠。
3)去除酚類和生物堿類幹擾
PVPP：
功能：
a) 去除酚類和生物堿； ?
b) 可參與制備合適的緩沖溶液，在系統中反復浸出 DNA，同時吸附雜質。
4) 去除蛋白質、雜質、抑制劑幹擾；
HTR 及其他試劑；
DNA 的純化；
Rnase A 消化 RNA；
獲得 DNA 溶液；
2.PCR 文庫擴增
2.1 高保真 pfu 酶的使用：
作用：
①降低擴增環節堿基錯配率； ?
②校正作用； ?
③保真度高於 Taq 酶； ?
④產生平末端。
2.2 最低循環次數的控制：
a) 循環次數對 PCR 擴增的影響：
1) 降低擴增環節堿基錯配率；
2) 糾錯作用；
3)保真度高於 Taq 酶；
4) 產生平端。
b) 解決方法：
1) 根據樣品的來源和類型，利用預實驗繪制擴增反應條件圖，用最少的循環次數獲得符合後續實驗濃度要求的擴增產物。
2）由於樣品間的質量差異等原因，每個樣品的擴增循環次數應保持統壹。
c) 擴增 DNA 模板濃度的壹致性
根據樣品的種類和來源，調整擴增過程中樣品 DNA 的濃度，使之保持壹致，避免因樣品 DNA 濃度的差異而導致擴增後的偏差，增加樣品間的可比性。
d) 文庫構建的擴增循環次數
1) 使用擴增後的形式進行接合添加；
2) 使用最少的循環次數以確保完成文庫構建。
3.實驗過程質量控制
3.1 陰性和陽性對照設置
1）元基因組提取環節：
①設置陽性對照，監測提取效果；?
②設置陰性對照，監測提取過程。
2）PCR 環節：
①設置陽性對照，監測擴增效果；?
② 設置陰性對照，監測 PCR 操作過程； ?
③擴增提取環節設置陰性對照，監測提取過程中是否有汙染； ?
④ 擴增提取環節設陽性對照，驗證提取效果。
4.數據分析優先級的確定
4.1 下遊數據分析優先級：
1）分析陽性對照：觀察實驗和測序環節是否存在問題；
2）對比分析不同測序運行之間的陽性對照，排除測序批次之間的差異性。
3) 按要求分析本批樣品。