近十年來，我國政府對公立醫院的投入主要采取兩種方式：壹種是直接的財政投入，另壹種是包括免稅、藥品和醫用材料順價加成以及檢查檢驗高於成本定價等在內的政策性投入(其中免稅部分在醫療機構中幾乎可忽略不計)。兩種投入方式壹軟壹硬，財政投入相對不足，越來越軟。政策性投入卻越來越硬，逐漸成為政府投入的主渠道。
2 公立醫院行為異化公立醫院的改革是由政府設計和推動的，但改革後，公立醫院的行為與政府改革的初衷漸行漸遠。為了減輕財政負擔並適應全國範圍內經濟體制改革的形勢，從20世紀80年代開始，衛生體制也進行了改革，政府逐漸從投資辦醫院走向利用政策辦醫院。醫院既“吃”政府(財政投入)，又“吃”患者(高利收費)。藥品、醫用材料加成等政策性投入逐漸成為政府投入和醫院補償的主渠道。面對補償機制二元化，對於醫院來說，能否以及在多大程度上享受政策投入利益。直接取決於醫院所占有的市場份額。
(二)社會醫療保險欠公平、低效率
20世紀80年代以來，伴隨農村經濟社會體制改革開展，我國大部分農村地區原有的合作醫療制度紛紛瓦解，農民完全淪為自費醫療。農村直到2003年之前基本沒有任何醫療保障，90％左右的農民靠自費醫療。城鎮內部不同人群間醫療保險同樣不公平。1998年的醫改方案首先將大量的鄉鎮企業、城鎮個體戶和自由職業者以及職工家屬等排除在外。
另壹方面，以“第三方付費”為特征的城鎮職工醫療保險制度和新型農村合作醫療制度缺乏對醫方道德風險的有效控制。醫療服務市場的信息不對稱與很強的專業性、技術性特征決定了供需雙方地位的不平等：醫生是專家、權威。
(三)“管辦不分”、“管制俘獲”與政事合壹
醫療保險市場是由供方(醫生)、需方(患者)和第三方即醫療保險機構組成的，政府是介於三者之上的監管者。政府對醫療服務提供方(醫院和醫生)、利用方(患者)和醫療保險方的有效監管，是醫療保險市場正常運轉的必要條件。然而，在我國，政府的監管角色是混沌的。從醫療服務提供方面看，政府直接舉辦為數眾多的醫療機構形成了典型的“父子”關系。醫院是政府的行政附屬單位，政府相當於總醫院院長。由於政府的投入主要依靠政策性投入，醫院的補償主要依靠市場。於是，醫院對醫生的權力(大處方)是激勵的，政府對醫院的趨利行為是默認的
(四)衛生保健體制二元化、政府責任間接化
新中國成立以後，我國逐漸形成了二元社會經濟結構。十六大以來，堅持科學發展觀，二元社會經濟結構正在走向融合。但是，衛生保健體制卻仍然固守二元化。醫療衛生方面，城市醫療衛生和農村醫療衛生是二元化的。農村衛生工作壹直是衛生工作重點，但在實際運行中，重城市輕農村的格局始終沒有改變，80％的衛生資源集中在城市，廣袤的農村和大約70％的人口，只享有20％的衛生資源，造成基本醫療衛生的公平性和可及性差。
這樣，處在不同地域和保險系統的居民只有區域內和系統內的小範圍公平，難以保障人人享有公平的醫療待遇。這與我國衛生保健事業發展中政府財政投入分攤機制緊密關聯。