病毒通過貓的鼻、口和結膜進入貓的體內，導致鼻腔上皮細胞溶解，並擴散到結膜、喉、氣管、支氣管和支氣管，局部出現壞死（中性粒細胞浸潤）和炎癥病竈，也有壹過性病毒血癥的報道，尤其是在新生兒或體溫過低的幼貓身上。這是因為貓皰疹病毒喜歡在較低溫度下復制。病毒在感染後24小時開始排出，持續1-3周，急性發病在10-14天內消退。
病毒沿著感覺神經傳播，到達神經元原基，尤其是三叉神經節，這是潛伏感染的主要部位，幾乎所有感染的貓都會成為終生攜帶者。由於病毒基因存在於受感染神經元的細胞核中，不會復制，因此沒有簡單的檢測方法來檢測這種潛伏狀態。70%的感染貓可通過服用類固醇誘導病毒重新活化和排毒，其他可能誘導病毒重新活化的緊急因素包括哺乳（40%）和環境變化（18%）。
有些成年貓可能會在病毒再活化期間形成病竈，由於病毒再活化而形成的疾病我們更願意稱之為再發癥。結膜炎可能會伴有角膜潰瘍，從而導致慢性角膜炎。基質角膜炎是壹種繼發性免疫介導反應，因為病毒存在於角膜上皮或基質中。對鼻甲骨造成損傷的急性病例會使壹些貓患上慢性鼻炎。
來自初乳的被動免疫
來自初乳的轉位抗體可以在幼貓出生後的頭幾周內保護它們免受疾病的侵襲，並可持續10周，但有些研究發現，大約25%的幼貓在6周大時沒有轉位抗體。
主動免疫反應
自然感染的貓皰疹病毒不會像貓瘟那樣引發固態免疫，因此免疫反應只能對抗疾病而不能對抗感染，因此在感染 150 d 後再次感染皰疹病毒時仍可觀察到輕微的臨床癥狀。病毒中和抗體滴度通常較低且上升緩慢，有些病例甚至在感染 40 d 後仍未出現病毒中和抗體，這可能是因為病毒中和抗體在急性感染期間中和了入侵的病毒，並被抗體依賴性細胞毒性和抗體誘導的補體細胞溶解所消耗。
與其他α-皰疹病毒壹樣，細胞介導免疫在保護中起著非常重要的作用，因此，即使接種過疫苗的貓沒有檢測到抗體，也不壹定就會對疾病易感，因為它仍然可能有細胞介導免疫在保護它。與此相反，血清轉換被認為可以保護貓免受病毒侵襲。在這種情況下，貓皰疹病毒抗體是細胞介導免疫反應的指標，因為需要 T 淋巴細胞來維持 B 淋巴細胞產生抗體的功能（細胞介導免疫反應），這意味著如果存在抗體，就意味著 T 淋巴細胞也會存在（細胞介導免疫反應）。換句話說，如果存在抗體，就意味著存在 T 淋巴細胞，這就是細胞介導的免疫反應。由於貓皰疹病毒是壹種呼吸道病原體，因此這裏存在著活躍的細胞和體液免疫反應。
雖然貓皰疹病毒抗體與臨床癥狀保護之間存在相關性，但目前還沒有可用的檢測方法來預測每只貓的保護狀態。
主要病因是急性上呼吸道疾病和眼部疾病，幼貓的病情可能特別嚴重，常常會導致粘膜表面糜爛和潰瘍、鼻炎和結膜炎，偶爾還會出現角膜樹枝狀潰瘍竈，這在診斷上被認為是特異性的。
典型的臨床癥狀包括發熱、精神萎靡、厭食、血清樣眼屎和鼻涕、結膜充血、打噴嚏，流涎和咳嗽較少見。繼發性細菌感染很常見，分泌物呈膿性。貓還可能感染原發性肺炎和病毒血癥，導致全身癥狀和死亡。
其他不常見的臨床癥狀包括口腔和皮膚潰瘍、皮炎和神經癥狀。與其他皰疹病毒相比，貓皰疹病毒感染很少導致流產。
當病毒再次活化（復發）時，有些貓會出現上述急性細胞溶解病，而有些貓則會發展為慢性免疫介導的眼病，這種眼病已被證實伴有角膜水腫、炎癥細胞浸潤、新生血管形成，最終導致基質角膜炎，導致失明。
實驗證明，基質角膜炎的致病機制是角膜水腫、新生血管形成，最終導致失明。
在角膜皰癥和嗜酸性角膜炎患者的角膜和/或血液中發現了貓皰疹病毒，並被認為與此有關，但有些病例的病毒仍呈陰性。與健康貓相比，在葡萄膜炎貓的眼房水中檢測到貓皰疹病毒DNA的比例更高，這似乎表明貓皰疹病毒可能會引發葡萄膜炎癥。
慢性鼻竇炎通常是打噴嚏和流鼻涕的原因，也被認為與貓皰疹病毒感染有關，在壹些病例中檢測到了病毒DNA，但在對照組中也檢測到了病毒DNA，因此在這類病例中皰疹病毒沒有復制，這表明感染最初是由貓皰疹病毒感染引起的，但隨後啟動了免疫介導的致病機制。這種機制會引發炎癥反應、組織結構的破壞和重建，進而導致鼻甲和鼻骨的永久性損傷以及繼發性細菌感染。
貓皰疹病毒還經常與其他病原體壹起引起多病原體呼吸綜合征，包括杯狀病毒、衣原體、支氣管敗血波氏桿菌、葡萄球菌和大腸桿菌
呼吸系統中也可能存在病毒和抗原。
病毒和抗原檢測
PCR 仍是檢測病毒的首選方法，病毒分離仍是檢測貓皰疹病毒感染的最準確但耗時的檢測方法。
核酸檢測
傳統 PCR、巢式 PCR 和瞬時 PCR 被常規用於檢測結膜、角膜或口咽拭子、角膜劃痕、眼部水液、角膜骨、血液或活檢組織中是否存在貓皰疹病毒 DNA，大多數引物都是以胸苷激酶基因的高度保守片段作為引物設計的。大多數引物都是以胸苷激酶基因的高度保守片段作為引物設計的。分子生物學檢測似乎比病毒分離或間接熒光抗體染色更靈敏。
由於 PCR 甚至可以檢測到極少量的病毒核酸，但並不壹定與疾病相關，因此必須非常謹慎地解釋 PCR 陽性結果，即使是在非增殖性病毒感染的情況下，也可能在角膜或扁桃體劃痕中檢測到病毒 DNA，這可能會降低診斷價值，而且不同的樣本可能會有不同的結果。可能會有不同的結果，例如角膜抓痕和活檢樣本比結膜樣本更常呈陽性，社區的差異也可能會產生影響，例如收容所的貓比馴養的貓更容易呈陽性。
此外，尚不清楚最近接種了活病毒疫苗的貓是否有可能通過 PCR 檢測到疫苗中的病毒 DNA，如果是，也不清楚接種過的活病毒的 DNA 會在體內存在多長時間。
PCR陽性結果可能代表少量病毒釋放或潛伏感染，不壹定意味著臨床癥狀是由貓皰疹病毒引起的。但是，在使用實時定量 PCR 檢測時，檢測到的病毒濃度可以提供進壹步的信息，例如鼻腔分泌物或眼淚中病毒濃度較高，則表明病毒正在積極復制，並與臨床癥狀有關。如果鼻腔分泌物或眼淚中的病毒濃度較高，則表明病毒復制活躍，並與臨床癥狀有關；如果濃度較低，則代表潛伏感染。
病毒分離
病毒分離的靈敏度不如 PCR，但它可以準確反映是否存在具有增殖能力的病毒，而不僅僅是檢測病毒的 DNA，而且還可以同時用於檢測是否存在貓杯狀病毒。
在初次感染貓皰疹病毒時，很容易從鼻腔、結膜和喉嚨的拭子或刮片樣本或死後的肺部樣本中分離出病毒，但壹旦確認慢性感染，就比較難分離出病毒。
感染病毒的無癥狀貓可能會前來進行病毒分離，但無論結果是陽性還是陰性，都不太具有診斷意義。用於病毒分離的樣本必須在熒光染色或玫瑰紅染色之前采集，並應迅速或在冷藏狀態下送往實驗室。雖然病毒分離對首次急性感染具有診斷意義，但在臨床實踐中很少合理使用。
免疫熒光抗體染色
熒光抗體染色可用於檢測結膜或角膜塗片或活檢樣本中是否存在貓皰疹病毒特異性蛋白，與病毒分離壹樣，樣本應在對眼球進行熒光染色之前取樣，因為這可能會導致假陽性。免疫熒光抗體染色的靈敏度低於病毒分離和 PCR，尤其是在慢性感染病例中。
對於臨床獸醫來說，PCR 方法很方便，因為它不受眼部熒光染色的影響，而且樣本可以在室溫下運輸。此外，還可以同時檢測其他貓科動物呼吸道和眼部病原體，尤其是貓衣原體和可信度較低的貓杯狀熱病毒。
抗體檢測
貓皰疹病毒抗體可通過血清中和試驗或酶免疫測定（ELISA）在血清、心房液和腦脊液中檢測到。貓的血清陽性率很高，主要是由於自然感染和接種疫苗造成的，抗體的存在與疾病或活動性感染沒有正相關，也無法區分接種疫苗和感染造成的抗體。中和抗體會在初次感染後出現20 ，急性和慢性感染的抗體滴度都可能很低，因此血清學檢測的診斷意義不大。
支持療法
嚴重感染的貓可能會因進食不足和流涎而丟失鉀和碳酸氫鹽，因此最好通過靜脈輸液來糾正脫水、離子和酸堿平衡。進食對貓的許多疾病都非常重要。很多貓咪不
進食是因為嗅覺喪失和口腔潰瘍，應該給貓咪適口的食物，並適當加溫和攪拌，增加貓咪進食的欲望，也可以給貓咪服用促進食欲的藥物，如環丙沙星（cyproheptadine），如果貓咪超過3d不進食，建議放置餵食管。
在所有急性感染病例中，建議使用對呼吸道有良好滲透作用的廣效抗生素，以防止繼發細菌感染。應用生理鹽水清除鼻腔分泌物，並塗上凡士林以防止分泌物附著在鼻孔周圍。還可以使用溴己新等溶黏藥物，每天多次滴眼不含類固醇的抗生素眼藥水或眼膏，霧化吸入有助於增加分泌物的溶解，保持呼吸道的濕度。
抗病毒治療
L-賴氨酸（L-lysine）500毫克/貓（幼貓250毫克）bid po，可與食物混合服用；
泛昔洛韋（Famciclovir）30毫克/千克bid po，據報道，實驗組貓癥狀明顯好轉，無明顯副作用，可繼續服用至癥狀好轉。繼續服用直至癥狀改善