(1)種蛋傳播疾病。對於育雛來說，種蛋的選擇和保存非常重要。許多疾病可通過種蛋傳播，如雞白痢、副傷寒、敗血病真菌病、馬立克氏病等。葡萄球菌、綠膿桿菌、腸桿菌科和許多黴菌可通過破損或未破損的蛋殼從外部侵入雞蛋，這些微生物在種蛋的收集、儲存和運輸過程中傳播。這些會導致小雞孵化後的疾病，引起肚臍炎癥、慢性呼吸道疾病、痢疾和大腸桿菌病。另外，蛋的質量不好，孵化出來的小雞本身也不會太健康，甚至孵化過程中胚胎會死亡。比如有些種雞的飼料中營養成分不足，導致雞蛋中營養成分不足，尤其是維生素。這些雞即使能孵出來，孵出後也會表現出先天不足，生命力很弱，很難餵養。另外，蛋被汙染，孵出的小雞生病，也很難餵養。
(2)雞胚在孵化過程中被感染或發育不良。在孵化的過程中，衛生很重要，環境要保持清潔，消毒到位。如果育雛室、孵卵器、蛋類及各種用具消毒不嚴格，大腸桿菌、葡萄球菌、沙門氏菌可侵入卵黃囊，引起臍炎。大多數雞在前10天死亡。此外，如果孵化條件控制不好，特別是溫度和濕度控制不當，會造成胚胎發育不良，這些雛雞在育雛初期容易死亡。
(3)管理不當，意外死亡。雛雞意外死亡大多是管理不當造成的。其中包括碾壓，如育雛室內溫度過低，或突然斷電，或小雞被抓轉群時受到驚嚇，小雞層層疊疊，長時間在底部會導致小雞窒息死亡；溺水，雛雞因長期斷水而進入口渴狀態。突然，被餵水的小雞會沖到水源處搶水喝，靠近飲水機邊緣的小雞會被擠到水盤裏淹死。這種情況壹般發生在剛孵出的小雞長途運輸，間斷飲水的時候。中毒，常見的雛雞中毒死亡有兩種，壹種是煤氣中毒，另壹種是呋喃唑酮藥物中毒。所以要定期檢查竈具煙囪的接縫是否嚴密，煙道是否暢通，有無回煙。註意藥物的用量，防止過量用藥。此外，飼養員在進出雞舍時也要小心，防止踩到或推門壓到雞。如果育雛室建設質量差，還會被外來動物入侵或傳播疾病，尤其是老鼠。如果偏遠山區有黃鼠狼等野生動物。
(4)啄死。雞啄癖是壹種病。雞在高光照強度條件下，20日齡後常啄食羽毛和尾巴。這種啄癖如果不及時解決，可以蔓延到整個群體，互相啄啄，追逐啄來啄去，雛鳥被啄出血後很快就會被啄死。因此，在飼養過程中，除了調節適宜的溫度和濕度外，還要註意光照的強度和持續時間，控制飼養密度。