因為急性腎盂腎炎如果超過6個月不治愈就會變成慢性，所以應該在早期進行徹底治療。由於慢性腎盂腎炎反復發作，腎臟內炎癥和修復交替，結締組織增生和瘢痕形成使局部血供差，抗生素不易進入病竈；局部引流不暢，致病菌難以清除，因此炎癥難以控制，受損的腎臟組織難以修復。受損的腎臟組織也是導致恢復前反復感染的重要因素。因此，慢性腎盂腎炎治療的重點是盡快消除致病菌，促進受損腎組織盡快恢復。同時積極尋找易感因素，排除或避免，如泌尿系結石、畸形、前列腺增生、盆腔及外陰感染等。是有效抗菌治療的前提。抗菌處理的原則如下:
1.應根據病原菌和藥物敏感性選擇有效藥物，並仔細篩選藥物，觀察療效。定期做尿細菌培養和菌落計數，根據藥敏試驗結果選擇最敏感的抗生素。有尿路梗阻和感染原因者(如尿路結石、膀胱頸梗阻、盆腔感染等。)應及時排除，並根據病因進行處理。
2.由於在病菌治療上的頑固性，壹般抗菌藥物多為聯合用藥，如SMZ+TMP、呋喃西林+慶大黴素，或諾氟沙星、羧芐青黴素、妥布黴素、先鋒等。療程壹般為兩周，5-7天後進行下壹個療程。直到尿常規和培養轉陰。有時整個療程需要2-4個月。療程壹定要夠。如果療程不夠，即使原治療有效，也不能完全消滅致病菌，同時培養耐藥菌，使致病菌得以殘留。壹旦條件適宜，就會復發，病情就會延遲。因此，慢性腎盂腎炎急性發作時，應按急性腎盂腎炎的治療原則用藥，總療程不少於四周。當所有臨床癥狀得到控制後，可停藥觀察，每月復查尿常規和尿培養，壹般6個月左右。抗菌治療無效時，可采用抗菌治療。具體方法:每晚排空膀胱後，服用復方磺胺甲惡唑2片(或0.1g；呋喃啶；0.5g萘啶酸；諾氟沙星0.2g)3-6個月，約60%患者尿培養可轉陰。這種方法耗時較長，要註意藥物的副作用。
中醫微滲透療法
根據引起腎臟損害的免疫損傷和引起腎臟血液灌註障礙的原發性和繼發性腎臟疾病，有獨特的療效，其功能和作用在腎盂腎炎的治療中敘述如下:
1，對腎臟免疫損傷的作用原理
免疫功能的雙相調節
小型化的使用具有很強的免疫活性；結合其特定的針對性；以及對病竈的親和力，中藥活性物質進入患者體內，定向激活免疫功能低下患者的免疫系統，促進抗體的產生；同時，選擇性抑制免疫過剩患者的過度活躍應激狀態；促進紊亂達到平衡；減少免疫介導的炎癥介質對腎臟的持續損害。減少系膜細胞的增生，減緩腎小球的不斷硬化，恢復受損的功能，改善機體狀態，增加抗病能力。
選擇性靶向定位於腎臟病變組織，徹底清除免疫復合物的功能；
免疫活性強的中藥微粉化活性物質進入患者體內，迅速定位於免疫復合物沈積的病變部位，發揮以下作用:(1)壹是與沈積的免疫復合物和病理組織融合；(2)有效融合後，重新聚集成新的分子，改變了細胞分子的價鍵結構，迅速釋放出攻擊性藥物成分。(3)免疫復合物和腎臟的病理組織在有效藥物成分的攻擊下迅速分化、解體和破碎，並通過以下方式清除散落的碎片。(1)激活吞噬細胞，吞噬被攻擊破碎的較大碎片。(2)其他中小分子被機體排泄和代謝。
這是中藥活性物質微型化後清除免疫復合物、祛瘀的主要途徑，為修復受損腎臟組織奠定基礎。
2.針對腎臟血液灌註障礙的機制。
活血通絡，改善微循環障礙；
(1)中藥微粉化活性物質選擇性靶向定位體內自主神經系統，促進腎組織前列腺素分泌，擴張腎及全身小動脈，改善全身及受損腎微循環障礙。
(2)改善胃腸粘膜微循環，減輕粘膜水腫，促進消化液分泌，增加患者食欲。
(3)促進外周血管擴張，改善體表微循環，促進汗孔開放，促進汗液中毒素的排泄。
擴張腎動脈可增加受損腎臟的有效血液灌註，增加腎臟供氧，改善腎臟微循環，降低腎小球內壓，促進腎小球修復、受損病變結構改變和功能恢復。
微量中草藥活性物質治療腎臟疾病和尿毒癥的三個治療過程及其病理、病理生理和臨床變化。
第壹個過程:活血通絡，給腎臟病變組織供氧，改善微循環，降低腎小球內壓力(降低腎小球內壓力階段)。
進入腎臟的中藥微粉化活性物質有以下作用:①壹是選擇性靶向受損腎臟的各級動脈血管並與之緊密結合；②促進腎動脈擴張，增加腎臟有效血流灌註；增加對受損腎小球的供氧，改善微循環，增加代謝，降低腎小球內壓力，緩解腎小球高濾過。③延緩疾病的進展。
1.如果這壹步後腎臟血流動力學改變，腎小球高灌註可得到緩解；它將減輕腎小球內高血壓；會緩解高過濾狀態；延緩和阻止腎小球硬化的進程。
2.如果這個階段完成，其臨床表現為:①尿蛋白、潛血開始減少；②尿肌酐開始升高；③血清肌酐開始下降；④腎性高血壓，逐漸緩解；⑤全身中毒癥狀減輕，如乏力、嘔吐、食欲不振、出汗等。⑥當尿量開始增多時，尿液的顏色、混濁度和氣味都會發生變化。
第二個過程:清除瘀血、腎臟病理組織和免疫復合物的過程(病竈清除階段)
在擴張腎動脈、增加供氧、改善微循環的前提下，選擇性靶向定位的中藥活性物質與病理組織和免疫復合物緊密結合，然後對病變的攻擊力突然爆發，免疫復合物和增生的系膜細胞、基質、硬化的腎小球等病理組織逐漸完全粉碎、裂解，最終分解成小塊，被具有血液循環的吞噬細胞吞入或代謝排出體外。同時，將中藥活性物質的免疫復合物微粉化侵入腎臟，可在其致病前將其破壞，及時釋放對機體有效的微量物質，改善患者的健康狀況。
本流程的臨床治療特點:
臨床癥狀逐漸好轉，實驗室指標穩定，病情逐漸平穩。只要不受易感因素的影響，這個過程，尤其是通關功能，會壹直持續下去。
第三個過程:病變組織再生、修復和重建的過程(修復重建階段)
修復功能分為以下三個步驟:
1，選擇性目標:
中藥活性物質微粉化修復腎小球濾過膜:首先激活系膜細胞，阻止其繼續增殖；抑制GBM膠原細胞活性的進展，修復破損的基底膜(破損的微中藥分子鏈與之有很強的親和力)，增加機械屏障的濾過面積，恢復正常通透性。
2.修復基底膜的電荷屏障功能:
中藥活性物質破碎後的分子鏈與基膜有很強的融合，破碎後的分子鏈帶正電荷，與病變細胞的分子價鍵結合後重新穩定。其作用是促進基底膜上硫酸肝素和唾液蛋白的合成並抑制其分解，從而維持基底膜的負電荷屏障功能，減少蛋白質的持續外漏，增加毒素的排出。中藥微粉化活性物質不僅恢復了基底膜的電荷屏障，還恢復了基底膜的選擇性過濾功能。
3.重組和重建的機制與腎小球的修復有關:
微粉化後，其他斷裂的分子鏈相互重組產生新的功能，與受損腎臟組織和細胞中不完善的分子鏈結合形成新的分子，改變細胞分子的價鍵結構，修復受損細胞的DNA，加速血液，增強新陳代謝。關鍵是激活受損細胞的DNA復制機制。促進受損腎臟組織細胞的修復和再生，促進受損組織的重建。受損腎臟結構改變後，受損腎功能逐漸恢復。
這壹階段的主要特點:活血通絡(供氧降壓)、祛瘀(清除)、促再生(修復重建)三步是修復的關鍵。結構改變後，腎功能可逐漸恢復，臨床癥狀可改善。但是修復是壹個漫長的過程，堅持持久治療才是根本。修復後的腎臟組織抗病能力強。壹旦修復到位，就不會受到疾病的侵襲，痊愈後也不會復發。