豬糞堆肥發酵法因其成本低、有效殺滅病原菌和除臭、改善畜禽廢棄物不良物理性質、畜禽廢棄物減容和效果徹底穩定而備受人們關註，已成為目前畜禽廢棄物無害化和資源化利用的重要途徑之壹。糞便發酵劑可以大大優化豬糞發酵過程，生產出更放心的有機肥。？
豬糞作為沼氣發酵的原料是沼氣生產的物質基礎。為保證沼氣池啟動和發酵有充足穩定的發酵原料，投料前應選擇有機營養適宜的牛糞、豬糞、羊糞作為啟動發酵原料。豬糞非常適合作為沼氣發酵的原料，其中含有更多的低分子量化合物。碳氮比適合發酵。入池後啟動快，產氣好。在沼氣發酵劑的幫助下，沼氣生產的速度和速率可以提高壹倍。？
豬糞發酵劑用於制作魚蝦飼料。豬糞質地細膩，含氮較多，易被微生物分解，釋放出可被魚蝦吸收利用的有效營養物質。如果利用起來，會成為很好的魚蝦飼料。但豬糞中含有寄生蟲卵和壹些有毒物質、病菌，不能直接用豬糞餵養魚蝦。必須經過EM菌飼料發酵劑(微生物發酵劑)處理，才能成為安全、環保、營養的飼料。豬糞經微生物發酵劑制成的飼料，不僅為養魚(蝦)提供了廉價優質的營養，而且促進了養豬和養魚形成良好的生態循環。此外，豬糞還可以發酵成牲畜飼料。