通常，兩種藥物可用於治療腸化生。
首先是用藥物保護胃黏膜，如胃泌素、硫糖鋁、胃炎幹糖漿、思密達等藥物；其中，常用的藥物有促胃液素和思密達。此外，胃泌素酮是甘草酸水解制備的琥珀酸半酯，可增強患者胃黏膜粘液分泌，延長胃上皮細胞壽命，並輕度抑制胃蛋白酶活性，因此可保護胃黏膜免受膽汁損害；而思密達對細菌或病毒有很強的固定能力，從而達到良好的治療效果。
第二種藥物是用藥物消除胃黏膜損傷的因素，如組胺H2受體、胃泌素受體、乙酰膽堿受體拮抗劑、止嘔靈等藥物；而最常用的藥物是止嘔靈。止嘔靈是壹種能有效控制和改善膽汁反流的藥物，常治療膽汁反流和胃黏膜屏障破壞引起的胃炎，療效較好。
綜上所述，腸化生患者通常會使用藥物進行治療。壹般臨床上常用兩種藥物來保護胃黏膜，消除胃黏膜損傷因素，兩者對患者的病情都能起到很好的治療作用。同時，患者要保持良好的飲食習慣，避免食用煙熏、油炸食品，少抽煙、少喝酒，這對患者的治療很有幫助。