華佗之前有壹些具有麻醉性質的藥物被用作麻醉劑。然而，它們要麽用於戰爭，暗殺或操縱，但它們並不真正用於手術。華佗總結了他在這方面的經驗，觀察人喝醉時的睡眠狀態。他發明了用酒服麻沸散的麻醉，正式用於醫學，從而大大提高了外科手術的技術和療效，擴大了外科治療的範圍。據日本外科醫生華鋼青州考證，麻沸散由洋金花壹升，草烏、當歸、白芷、川芎各四元，炒南星壹元組成。自從引入麻醉後，華佗的外科手術變得更加復雜，治愈了更多的病人。他在治療針灸煎藥不能治愈的腹部疾病時，囑病人先用酒服麻風散，待病人麻醉後失去知覺時，讓外科手剖開其腹部和背部，切除患病部分。如果病在腸胃，就切開洗幹凈，然後縫合，塗藥膏。傷口四五天就好了，壹個月左右病就好了。華佗當時已經可以進行腫瘤切除、胃腸縫合等外科手術。有壹次，有個病人推著手推車，彎著腳喊肚子疼。很快，呼吸微弱了，疼痛的聲音也漸漸淡了。華佗把脈按腹，斷定病人患的是腸癰。由於病情兇險，華佗馬上給病人用酒灌了“馬飛散”，麻醉後又給了他壹刀。經過治療，患者在壹個月左右康復。他的外科手術受到了幾代人的高度贊揚。明代陳嘉謨的《本草綱目》引用《歷代名醫圖贊》中的壹句詩來概括:“魏設瘡部，以去骨治病，多有奇效”。
華佗的醫術高超。他首創了全身麻醉手術，被後人稱為“外科鼻祖”。他不僅精通方劑學，而且在針灸方面也令人欽佩。他每次用艾灸，只要取壹兩個穴位，灸七八個勁，病就好了。用針灸治療時，只用壹兩個穴位來告訴患者針刺感會達到哪裏。然後針摸到他說的地方後，病人說“到了”，他把針拔出來，病馬上就好了。另外，他創造了夾脊穴，”...背上點幾十個點，相隔壹寸或五寸...艾灸點上下夾脊柱壹寸”。
如果致病因素停滯在體內，針灸和藥物不能直接實現，他會用手術的方法來擺脫病人。他使用的“馬飛散”是世界歷史上最早的麻醉劑。華佗用“馬飛散”進行腹部手術，開創了全身麻醉手術的先河。這種全身麻醉手術在我國醫學史上是史無前例的，在世界醫學史上也是罕見的。
五畜操
他還對醫學體育做出了重要貢獻，創立了著名的五禽戲，華佗還擅長應用心理療法治療疾病。華佗也是可以用心理療法治療疾病的專家。有壹次，壹個太守請他看病。華佗以為大怒之後，他的病就好了。所以他接受了很多財產，卻沒有給他壹個好醫生。很快就拋棄了他，留下壹封信罵他。太守大怒，讓人追。他的兒子知道了真相，悄悄地攔住了追趕者。極度怨恨之下，太守吐了幾升黑血，很快就好了。他創造了“五獸戲”，模仿五種動物的形狀、動作和神態來舒展筋骨，疏通經絡。五禽即虎、鹿、熊、猿、鳥，能使手腳靈活，血管通暢，還能防病治病。他的學生烏普·桑用這種方法來強身健體。他90歲的時候，依然耳聰目明，牙關緊咬。五禽戲是壹套可以拉伸所有肌肉和關節的醫療體操。華佗認為“人體要工作，...血液循環，病不可生，如胡舒，終不死。”五禽戲的動作是模仿老虎的拍打前肢，鹿的頭頸伸展，熊的虛脫，猿的腳趾垂直跳躍，鳥的翅膀展開等等。相傳華佗在許昌(縣名，在河南省)時，每天指導許多瘦子在空地上做這個體操。他說:“妳可以經常鍛煉身體，以擺脫疾病，有益於妳的腳和腳作為指南。如果身體不開心，就會扮演小鳥的角色，心情愉悅，汗流浹背。因粉，身輕欲食。”
華佗的醫術據說已經全燒光了。但他的學術思想並沒有完全消亡，尤其是華佗對中醫的研究。除麻沸散等名方外，後世醫書記載的華佗的所有藥方，都不能視為變相的華佗(聶溫韜)之名。他的弟子烏普是壹位著名的藥劑師。《烏普本草》的許多內容在後世醫書中都可以找到。
華佗是中國醫學史上為數不多的傑出外科醫生。擅長麻醉、針灸，擅長開胸手術。外科手術的方法並不是基於“尊儒”文化的中醫主流治療方法。在儒家“身之所長，父母所收”的思想下，外科手術在中醫中並沒有大規模發展起來。有醫學史家考證，華佗使用的治療方法在印度醫學中有記載，他使用的馬飛散中的主藥“曼陀羅花”也產自印度，所以他們提出華佗壹生足跡遍布中原，很可能是來自印度的天竺大夫。這種說法有壹定的參考價值。早在漢代，中醫外科就曾達到相當高的水平。但是，隨著時間的推移，隨著中醫理論和實踐的不斷進步，大部分疾病都可以通過針灸、藥物等治療方法治愈，這些痛苦大、損傷重、經脈斷裂的手術方法也逐漸被更為“文明”、“簡單”的內治方法所取代。在這種條件下，中醫也取得了很大的進步，其他很多醫學也不得不承認它是科學的超越，理論的精妙和深遠。