結合現代醫學檢測手段，經過多年探索，在國內首次提出了“治癰”的學術論點，打破了歷代醫家以“胃脘痛”、“胃脹”為主辨證論治的模式，對該病的病因分類和演變階段提出了新的見解，並總結出壹整套新的辨證論治體系。在萎縮轉表和防癌研究方面積累了大量具有重要學術價值的資料，動搖了萎縮性胃炎不可逆的理論，引起了中西醫學界的重視。這壹科研課題得到了衛生部的高度重視，連續三年中標資助研究經費。階段性成果獲得省市科技進步獎，並經中西方專家鑒定，達到國內同類研究的先進水平。在中醫學術治療上，他既反對自嘲的民族虛無主義，也不贊成自滿和冷酷無情。他大聲疾呼不能忽視兩者的繼承和發展，提倡應用先進的科學技術為我所用，並率先垂範，大膽實踐，探索創新。還提出了冠心病從虛論治、腎炎從實論治、習慣性流產從氣而不從血論治的學術觀點，形成了獨具特色的辨證論治體系。經常使用不同的處方和藥物，在臨床上壹直有效。為了把他的寶貴經驗傳給後人，他撰寫了《中醫方劑學》、《冠心病臨床芻議》、《蕁麻疹治法探源》、《溫病論叢》、《觀察的宏觀作用》、《中風的治療》、《胃痛的臨床研究》、《從證鎖論黃疸》、《腎炎的臨床辨證應用》等著作。
李宇琪先生是中醫教育和醫院管理方面的專家。他長期擔任行政領導，忠實執行黨的中醫藥政策，為我省中醫藥事業的發展努力工作，做了大量開拓性工作。他特別重視中醫人才的培養和提高。早在50年代初，他就在遼東省主持中醫進修班，並擔任班主任和講師。遼東、遼西並入省後，在衛生廳廳長張鐵的支持下，成立了遼寧省中醫學校，遼南、遼西、遼北也設立了分校。他聘請了省內多位著名中醫專家授課，並親自組織編寫各科教案、教學大綱和教材，保證了教學工作的順利進行和教學質量的提高。為加快遼寧中醫藥發展，在培養人才的同時，他組織力量對全省中醫藥現狀進行了全面調查，並在此基礎上制定了宏偉的發展規劃，受到省有關領導的重視。就在他不遺余力地為中醫的崛起而努力的時候，衛生界有人散布民族虛無主義的觀點，掀起了壹股否定中醫的浪潮。面對各種歧視中醫的歪理邪說，他在討論中脫穎而出，頂天立地，在《健康報》發表署名批判文章。從那以後，他在工作中更加無私。針對當時中醫診所分散、混亂的情況，他制定了中醫診所管理辦法，組織中醫走聯合診所、聯合醫院的道路，提倡西醫綜合醫院設立醫務科，使中醫逐漸有了自己的定位。根據事業的需要，他大膽提出建立省中醫院，並提出了具體的建院方案。這個建議得到了省政府和衛生廳領導的重視和采納。他日夜操勞，積極組織實施，走遍全省，訪才選才，* * *聘請了72名中醫專家，形成強大陣容。1955，省中醫院正式開業。義診第壹天，民眾欣喜若狂，患者絡繹不絕，充分體現了中醫藥強大的生命力和民眾對中醫藥的信任。面對這種情況，他欣喜若狂，感慨萬千。1958，省政府責成省衛生廳決定在省中醫學院、省中醫院的基礎上，組建省中醫學院。他壹馬當先，首當其沖。他以卓越的勇氣和才華，歷盡艱辛，圓滿完成了這項宏偉而艱巨的事業。遼寧中醫學院的成立，標誌著我省中醫藥事業進入了壹個新的發展階段。在後來擔任遼寧中醫學院副院長、顧問期間，他對醫院進壹步發展建設的貢獻更加明顯。