培育抗病品種。根據品種不同，抗病性差異較大，因此選擇病害較輕的品種在當地種植。掌握種植密度，使田間通風良好。發病初期，每公頃可使用15%三唑侖(芬綠寧)2000次，銹病800次。但也要進行合理輪作，與3年以上非耗竭作物實行輪作。選擇抗病能力強的種子，播種前仔細消毒，從正規地方購買種子，有缺陷的種子全部剔除不使用。
將所用的蕓豆種子用500倍的72%硫酸鏈黴素水溶性粉劑或50%雙濕粉浸泡24小時，用種子量的0.3%消毒後播種。化學防治:發病前噴施200 ml藍粉多菌靈和400 g藍粉多菌靈；發病後噴灑1 200 ml 1.6萬單位農用鏈黴素120-150 g進行預防。每7 ~ 10天壹次，連續噴施2 ~ 3次。
菜豆根腐病死亡的原因大多是因為疾病。枯萎病是壹種常見的疾病。該病在開花時發病，但開始癥狀不明顯。只是葉子有點黃。隨著病情的加重，黃色部分自下而上越來越明顯，葉脈變成褐色，蕓豆葉片逐漸脫落。如果在發育的中後期開始發病，莖會變成褐色。嚴重時整個根部會變成褐色，很容易拔出。莖腐病也是蕓豆爛根死亡的原因。顧名思義，發病部位主要發生在基底部。發病初期，疼痛部位有凹點。隨著病情加重，細菌也深入莖組織，變成紅磚。這種病發生時，治療也比較麻煩，要采用物理和化學相結合的治療方法。