清朝雖然沒有官方的間諜機構，但統治者對臣民的調查和控制力度不亞於上壹代。主要有兩種方法，即皇帝親自派出內侍衛外出從事間諜活動並實行密折制，形成了壹種沒有特務機構名稱的特殊間諜形式。
雍正帝在這兩點上下了功夫。他設立“看門狗”刺探巡撫信息，並派心腹侍衛(又名“羅查”)在京城內外各處暗中運作，刺探官員的言行。如廣東布政使王士軍、撫遠將軍年羹堯、直隸總督古力等。當他們離京赴任時，雍正派“羅剎”作為“忠愚之徒”或“慈仆”跟隨。但雍正利用空間的思想，似乎借鑒了李靖“空間可以成功，也可以被空間打敗”的思想。他只給了羅剎秘密偵查的權利，沒有給他抓捕殺人的特權。因此，他相信間諜，但不重用他們。他派了壹個間諜去刺探別人，又派了壹個間諜去刺探壹個間諜，篩選出了真實的信息。因為皇帝派出的探子不足以遍布全國，所以皇帝經常命令諸侯派出探子來彌補不足。特別是在對付民間秘密結社時，曾多次采用“各州縣派壹人去查訪逮捕”的辦法。
“密告事”制度始於康熙，盛行於雍正、乾隆。雍正親自制定了科技官員秘密講故事的制度:“每個科技每天要有壹個人講壹個秘密故事，輪流播放。故事無論大小，都是允許講真話的，即使沒什麽可說的，故事也是無聲的。”這樣，間諜職責就體現在各級政府官員的職能中，形成了壹個嚴密監視、嚴密發揮的巨大網絡，牢牢地監視著中央和地方各級政府機構。哪怕是“道聽途說”，也壹定是“暗地裏玩的”。康熙年間，為了絕對控制臣民，康熙不僅鼓勵秘密折制，還派心腹“羅察”到江寧、蘇杭的“江南三織造部”，使之成為皇帝直接建立的三個秘密情報站。
因為密折制度按規定需要各級官員勤打，官員們後來真的沒什麽可打的，或者泛泛而談，或者敷衍了事。康熙曾為此抱怨:“設立紀道之官，是為了參政議政，但如今玩禦史乃至紀道的人少之又少”；“最近官方講話很少，雖然偶爾有人打，但很少有人坦誠時事。”雍正為了鼓勵密折，嚴明紀律，曾規定:“凡有密奏者，密字為重。”如果我不保守秘密，我會失去我的童貞，如果我犯了壹個輕微的錯誤，它會蔓延到國外。當我聽說這件事的時候，後悔已經來不及了。“若有泄漏，不論有意無意”，將依泄漏軍機法處罰。"
清鹹豐年間，清政府為鎮壓和對付太平天國，設立了“情報搜集編輯室”。當時，湖北巡撫衙門的壹個下級巡官張德健，經過長時間、多方面的調查，獲得了太平天國的許多絕密情報。於是他把它們分門別類，編了壹本太平天國的資料匯編，卻沒有引起上司的註意。直到張德健通過當事人，攀上湘軍首領曾國藩，才被曾國藩看中。於是曾國藩命張德健成立情報收集編輯室，處理太平天國事務，並編著了《賊情集》壹書。賊情集共十二卷，從1805到1856。收集了太平天國主要領導人、制度、宗教、文化、人員構成、兵力數量、根據地、物資儲備等大量信息，極其詳盡準確。書末有大量關於太平天國的附錄和圖紙，如文告、印章、服飾、旗幟等。《賊情集》編纂完成後，信息采編處自行解散。
清朝道光年間，帝國列強頻繁派遣間諜到中國進行偵察活動。1832年，英國東印度公司以在中國沿海經商為名，派出間諜船“阿米什”號在停泊海域勘察水道和海灣，繪制海圖。1880年，日本人山縣有朋向日本天皇呈上《鄰兵略》，是根據在中國從事間諜活動的間諜所獲得的情報編撰而成。1886年，日軍在漢口建立的“樂善堂”是日軍特務中心，後擴展到北京、天津、重慶、長沙等地。“樂善堂”頭目在上海建立的所謂“日清貿易研究所”，是壹個不折不扣的間諜大本營。1893期間，日軍第二參謀總長中將·川上還潛入中國釜山、仁川、京、津、滬、寧等地，重點刺探清軍的軍備、兵員、訓練、軍事裝備和地形地貌，為甲午戰爭繪制詳細的朝鮮、中國東北三省和渤海灣軍事地圖。對於俄、英、法、德、日等國的間諜在“商人”、“探險者”、“傳教士”的掩護下進行的間諜活動，清政府毫不理會。直到鴉片戰爭和甲午戰爭爆發，大事不好了。於是在清末建立了中國歷史上第壹個現代間諜機構——軍事顧問處二廳，負責外國的間諜和反間諜活動。辦公室組織有序，分工明確。它有五個部分，根據間諜活動和反間諜活動的具體國家來劃分。首先是日本和韓國；二是俄語部分；第三是英美及英語國家；第四是德國、奧地利和德語國家；第五是法國、意大利和法語國家。
軍事顧問處二廳的主要職責是反制外國間諜。文獻中並未發現內部間諜機構，但其間諜活動仍遵循康熙開創的“邏輯檢驗”和“秘密折疊”制度，搖搖欲墜，直至清朝徹底崩潰。