1.選擇抗病品種。不同的黃瓜品種抗病性不同。在選擇品種時，不僅要考慮產量和經濟效益，還要進行比較，選擇抗病品種。這樣可以在壹定程度上減少疾病的發生，降低投入成本，間接提高效益。
2.全方位進行消毒滅菌。壹是做好種子消毒工作。播種前可將種子浸泡在40 ~ 50攝氏度的水中30分鐘~ 1小時，也可采用浸種的方法(用500克生物制劑/利喜菌王500倍液浸種2小時)。這兩種方法可以有效防治黃瓜苗期病害。二、做好苗床土壤的消毒工作，用死苗爛根噴灑苗床土壤，可殺滅土傳細菌。
3.發現病株後及時處理。黃瓜苗的病害以病株為中心，向四周蔓延。所以發現病株後，要及時拔除並帶出棚外，並對植株進行化學處理。常用的藥劑有72.2%刺殺600 ~ 800倍、75%百菌清600倍和58%甲霜靈錳鋅500 ~ 600倍進行噴灑或灌根。
二、定殖後黃瓜死亡的原因很多，根腐病、枯萎病和菌核病、肥水不當、長陰天導致死樹死苗等。生產中要具體情況具體分析，根據不同原因采取不同措施。
1，及時防治病害，防治擬莖點黴根腐病可直接用福克菌凈灌溉，或用白籽南瓜代替黑籽南瓜嫁接，有壹定效果。防治莖枯病，可選擇在患處塗抹福克菌凈，間隔12小時後，還可使用百菌清600倍液進行葉面噴施。50%速克靈1000 ~ 1500倍噴施可治療菌核病。
2、合理澆水施肥，澆水要在晴天進行，並保證澆水後有3 ~ 4個晴天。澆水量不能太大，因為澆水會降低地溫，澆水量越大，對地溫的影響越大。因此，應采用膜下澆水或小水量澆水的方法，防止地溫低對黃瓜植株產生不利影響。
冬季氣溫低，要註意使用生物菌肥或有機肥促進根系生長，但要適量使用。