原發病患者積極治療原發病(如甲減等。).單純性便秘的根本治療應該是改善飲食，多補充水分和含纖維素多的食物(如谷物、蔬菜)，同時養成排便的習慣。藥物治療只應在必要時臨時使用。
1.母乳餵養嬰兒的飲食糾正。母乳餵養的嬰兒不容易便秘。如果發生了，除了餵人奶，還要添加潤腸輔食，比如加糖的蔬菜水或者橙汁(新鮮的橙子是用來榨果汁的，打開後容易汙染)、番茄汁、煮山楂或者大棗水。4個月以上，可以加蔬菜泥或熟水果泥。母乳不足時，可添加1 ~ 2倍的8%糖的牛奶。蜂蜜水每天60 ~ 90毫升，也有幫助。
2.人工餵養嬰兒的飲食糾正人工餵養的嬰兒更容易便秘，但如果合理添加糖和輔食，可以避免便秘。如果發生，可將牛奶中的糖分提高到8%，並加入果汁(如番茄汁、橙汁、菠蘿汁、棗汁等煮汁)刺激腸道蠕動。大壹點的寶寶可以添加蔬菜泥、蔬菜碎、水果、粥等輔食。，大壹點的寶寶可以加入玉米粉、小米、麥片等雜糧做成粥。1 ~ 2歲，如果已經添加了各種輔食，每天500ml牛奶就夠了，可以多吃些粗糧，比如紅薯、胡蘿蔔、蔬菜等。有條件的可以加瓊脂果凍。營養不良便秘的孩子要註意補充營養，逐漸增加攝入量。營養狀況改善後，腹肌和腸肌生長，張力增加，排便自然變得順暢。
3.訓練習慣排便是壹種條件反射練習，訓練後孩子可以養成按時排便的習慣。壹般3個月以上的嬰兒就可以開始訓練了。早上餵奶後，0.5 ~ 1個月，嬰兒可以養成用大人雙手，或坐在盆或凳椅上的習慣。養成習慣後不要隨意改變時間。對於患有慢性便秘的老年兒童，除了鼓勵他們多運動，多吃富含纖維素的食物外，還應該按時如廁，養成良好的排便習慣。
4.藥
(1)酚酞:每次3mg/kg，睡前服用，服藥後6 ~ 8小時服用。因為少量吸收後有腸肝循環，其作用有時可持續3 ~ 4天。適合習慣性便秘。
(2)液體石蠟:每次0.5ml/kg，睡前口服，服藥後6-8小時有效。長期服用會導致脂溶性維生素、鈣、磷的吸收障礙。
(3)鎂乳:每次0.5 ~ 1 ml/kg，睡前口服。
(4)甘油栓:小的1.33g適用於嬰幼兒，大的2.67g適用於兒童。它是壹種溫和的刺激性瀉藥，服用後幾分鐘即可排便。
(5)甘油/氯化鈉(含山崳醇、甘油或硫酸鎂):嬰幼兒5ml，兒童10ml。先用少許濕潤肛門，再慢慢插入肛門擠壓藥液，幾分鐘內便可排便。
(6)簡單方法:在家裏戴上橡膠手套，用小指蘸少量液體石蠟(石蠟油)或凡士林，插入肛門，緩解便秘。
(7)灌腸方法:用1% ~ 2%肥皂水或生理鹽水，溫度接近室溫，每次用量:
5.中醫治療便秘以潤腸通便為主，但根據病因宜用消食化滯、增液潤燥、調肺健脾、疏肝補腎之法。藥食並舉，攻下法只能暫時用，不可過度攻下，以免損傷正氣。
辨證論治:
(1)吞咽困難便秘:
主要癥狀:便秘，腹脹，少乳，或惡心嘔吐，手足發熱，小便短黃，苔黃膩，脈強滑。
治療原則:消積化滯，清熱祛濕。方藥:導滯丸加減。
常用藥物:枳實、神曲、山楂、黃連、黃芩、茯苓、大黃、澤瀉、白術等。傷面食:加蘿蔔籽；傷五谷糧:重用神曲；母乳餵養:添加麥芽。惡心嘔吐:加半夏、生姜；積熱:加入連翹、胡黃連；腹脹:加木香、雞內金。
(2)暑熱便秘:
主要癥狀:大便幹燥，排便困難，甚至大便隱晦，面紅發熱，口幹口臭，腹脹或腹痛，小便短赤，或口舌生瘡，舌質紅，苔黃幹，脈滑。
治療:清熱潤腸通便。處方:加減麻子仁丸。
常用藥物:大黃(下背)、火麻仁、枳實、厚樸、杏仁、白芍、蜂蜜(制)。口幹津耗:生地、沙參或麥冬；大便幹硬:加芒硝；肺熱、肺燥下至大腸者，加黃芩、知母、瓜蔞；腹脹腹痛者，加木香、檳榔、白芍。
(3)氣滯便秘:
主癥:便秘，噯氣頻繁，脅腹悶痛，舌紅，苔薄白，脈細。
治療原則:疏肝理氣，導滯通便。處方:劉墨湯。
常用藥物:木香、烏藥、沈香、大黃、檳榔、枳實。劇烈胸痛:加香附子、川楝子；腹脹疼痛:加白芍、元胡；無法擺脫瘴氣者:加旋覆花、赭石；惡心嘔吐:去檳榔加半夏、生姜、陳皮；氣滯久轉火:口苦咽幹:梔子、龍膽草等。被添加；蟲積阻滯行氣:重用檳榔，加雷丸、君子。
(4)氣虛便秘:大病後見。
主要癥狀:雖有排便感，但大便不硬，掙紮無力。排泄困難，出汗氣短，排便後乏力，面色蒼白，精神萎靡，舌淡，苔薄，脈弱。
治療:健脾益氣，潤腸通便。處方:黃芪湯。
常用藥物:黃芪、白術、黨參、火麻仁、陳皮、蜂蜜。肺虛氣短久咳:加生脈散、紫菀、白前；氣虛型脫肛:重用黃芪，加升麻、柴胡。大便幹結:加棗仁、冬瓜仁。
(5)血虛便秘:
主癥:大便幹結，步履艱難，面色蒼白，唇甲蒼白，頭暈心悸，舌淡，苔薄白，脈細。
治療:養血潤腸通便。藥方:潤腸丸。
常用藥物:當歸、生地、火麻仁、桃仁、枳殼、何首烏。血虛熱傷陰:玉竹、玄參、知母；氣虛乏力、氣短自汗者:加黨參、黃芪；心悸:加入酸棗仁、白芍；唇釘發白:加阿膠(融化)。
(6)中醫:
①枳實導滯丸:用於食積便秘。
②馬人潤腸丸:用於清熱便秘。
③木香檳榔丸:用於氣滯便秘。
④補中益氣丸:用於氣虛便秘。
⑤桑葚膏:用於血虛便秘。
(2)預後
預後總體良好。