治療潰瘍性結腸炎的藥物主要包括:
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柳氮磺胺吡啶(SASP)
SASP已被用於治療潰瘍性結腸炎多年。每日口服4-6g，對64%-77%的患者有較好療效。癥狀緩解後維持在2g/天至少1年，89%的患者可保持無癥狀。當SASP劑量較大時，療效提高，但副作用也增加。
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4-氨基水楊酸
又名PSA，是壹種抗結核藥物。用2克溶於100毫升水中，灌腸，每日1次。治療8周後有效率為83%。
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免疫抑制和免疫調節劑
糖皮質激素治療不好或不能耐受其副作用時，可使用硫唑嘌呤、環磷酰胺、6-巰基嘌呤(6-MP)。近年來，甲氨蝶呤和環孢素A的應用有時取得了良好的效果，但這類藥物有壹定的副作用，應慎用。也有報道稱青黴胺、左旋咪唑、幹擾素、7S-у球蛋白等。有壹定的療效。
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魚油(魚
油)
口服魚油作為白三烯合成的抑制劑，可以作為輕中度活動期潰瘍性結腸炎的輔助治療，達到臨床改善。有報道用糖皮質激素和SASP治療，輔以口服魚油5.4g/天，可提高療效。
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咳樂鈉
能穩定肥大細胞膜，防止脫顆粒，抑制組胺、5-羥色胺、慢反應物質等介質的釋放，減少抗原抗體反應對腸壁的損傷。200mg/次，每日三次，飯前服用；或600毫克保留灌腸。
合並感染的患者應使用抗生素，但不能作為常規藥物，以免改變患者對SASP的療效和反應。
其他藥物，如克羅安、鈣通道阻滯劑(如維拉帕米和硝苯地平)、H2受體阻滯劑如西咪替丁和雷尼替丁、氯喹等。，可以緩解潰瘍性結腸炎的癥狀。