值得指出的是，這個藥方在歷代醫家的著作中都被列為“驅蟲藥”。清代以後，這種觀點更加明顯，特別是在王昂的著作中，如《湯頭哥記》、《方藝吉傑》等。，其中把吳梅丸列為“殺蟲劑”的第壹個處方。陳修園的醫學啟蒙著作《醫三子經》也說，吳梅丸應用於治療“蟲痛”。再如《醫方考》指出:“烏梅味酸，然其軟；甚至，柏樹嘗起來是苦的，它屈服於它。胡椒、細辛味刺鼻，令人俯首稱臣致死。”目前，全國各地中醫院校的方劑學講義仍沿用王昂的分類方法，註:“吳梅丸為治蟲病主方”。講義上還把這個方子列為“殺蟲劑”，至於臨床應用，只是根據其方子的壹般加減。
事實上，吳梅丸是治療厥陰病的主要方劑之壹。雖然在《傷寒論》中有列，但並非專為殺蟲而設，而是用於調節厥陰病寒熱錯雜癥狀，控制只是吳梅丸的功能之壹。清科秦雲:“仲景方原是厥陰諸證之法，舒合編於吐治之下，使人懷疑有厥陰主方。鑒於其用藥符合各種證候...只是嘔吐的癥狀嗎？”可謂壹語道破。吳鞠通明確指出吳梅丸是“治厥陰、防少陽、護陽明的萬能藥”(圖文中有作者聯系方式)
厥陰為三陰之竭，陰為陽之盛。傷寒邪入厥陰，其病多為寒熱夾雜，虛實互見。《內經》說:“厥陰之上，氣為主宰。”唐榮川說:“厥陰之寒熱，總為大氣所扇，故用吳梅丸收大氣，其余藥物亦調理寒熱。”“普通感冒沒有固定的身體。若陽入陰退，則風由陽轉熱，表現為熱多食少暈厥、食時嘔吐、腹痛興趣降低等癥狀。根據吳梅丸的處方，它是根據厥陰病的特點。《馬梅丸立方》清柯雲波指出:“六經只難治厥陰，其根陰，其標熱，其體木，其用火，其首因...仲景立方，皆苦且苦，不用酸采，用之者，厥陰治肝菌...君吳梅的大酸，是主要的壹種。“佐黃連瀉心消腫，黃柏滋腎止渴，也是第壹因；腎為肝之母，花椒附以溫腎，則火歸，養肝，是鞏固其本……”說明仲景符合“其豐必先其因”的意思，是針對寒熱錯雜難治的“厥陰證”而開出的藥方。