滴蟲性陰道炎的治療方法很多，但往往很難治愈。所以治療壹定要針對陰道毛滴蟲的特點和身體的情況，才能達到理想的效果。
1.局部治療:增強陰道的防禦能力。用0.5% ~ 1%乳酸或醋酸溶液或1: 5000高錳酸鉀溶液作陰道灌洗，恢復陰面正常菌群，抑制滴蟲繁殖，終止病情。抗滴蟲藥物，主要是含砷制劑，用於陰道。常用藥物為卡巴砷，每晚陰道插入1片，共10天。為防止復發，在第二、三次月經幹凈後，應反復使用該藥1周。月經後取陰道分泌物檢查，連續檢查兩次。如果都是陰性，就治愈了。
2.全身用藥:滴蟲性陰道炎患者常伴有泌尿系統感染；由於滴蟲可深藏於腺體中，局部用藥不易根治。近年來口服抗滴蟲藥物，效果滿意。甲硝唑為有效的口服抗滴蟲藥物，每次200 mg，每日3次，連用7天；同時每晚用甲硝唑200 mg作陰道填塞。
此外，治療期間應保持局部清潔，避免性交，每天更換內衣。對於反復發作的患者，應指導其配偶同時治療，或口服甲硝唑200 mg，每日3次，連服7天。