新生兒病理性黃疸的病因主要是胎濕，病5的臟腑是肝、膽、脾、胃。其病機主要是由於脾胃固有濕熱，胎內寒濕，或長期氣滯血瘀，導致肝衰竭，膽汁外溢，產生黃疸。
1.濕熱郁滯蒸孕母體內的濕熱之毒，殘留在胎兒體內。比如丁霞的《嬰兒鐵鏡:辨胎黃》中說:“胎黃，是孕媽媽感受到的，傳給了胎兒，所以嬰兒生下來就是金面的。”孩子覺得母親的濕熱有毒，郁於脾胃，熏蒸於肝膽，氣機不暢，所以發生黃疸，其黃疸如橘皮般光亮。熱毒過盛者黃疸可迅速加深，易轉為證候變化。
2.寒濕阻滯如果小兒先天不足，脾陽虛弱，濕邪內生，或被濕邪侵襲，濕邪由寒轉盛，可引起寒濕阻滯。例如，葉桂的《臨床黃疸病案指南》中說:“陰黃之功，濕從冷水，脾楊燦未化為熱，膽汁被濕所阻，染於脾，浸於肌，溢於膚，色如熏黃。”寒濕內阻，脾不化濕，溢於肌膚，黃疸色暗。
3.氣滯血瘀如果孩子先天稟賦異常，經脈不通，或者濕熱寒濕日積月累，肝經氣滯血瘀，就會導致氣滯血瘀，發黃。如張魯《張儀彤黃疸》說:“黃雖濕熱，經脈久病，不乏瘀血。”這是氣滯血瘀於絡脈，肝膽引流不暢所致，故色黃黯，伴有腹脹，右脅下腫脹。
嚴重的胎兒黃疸可產生證候變化。若濕熱化火，邪氣沈於厥陰，則有昏厥驚風之虞，為胎黃動風之證；如果陽性無敵，氣虛楊燦導致陽氣驟失，就會成為胎黃萎陷之證。