在晚清學者雲《崇陵傳》摘錄的清代筆記和編纂的《清代筆記》中，認為慈禧太後怕光緒死後復權，推翻她壹手制造的種種冤案，才讓人殺了光緒。
英國人普蘭德·巴克豪斯的《慈禧傳奇》、德令時的《瀛臺血淚》等書認為，清宮太監李·等人平日利用主子慈禧的權勢，經常誹謗、愚弄光緒。他們怕光緒在慈禧死後重新掌權，會清算他們過去的罪惡，所以先下手為強，在慈禧死前殺了光緒。
溥儀在《我的前半生》中說，袁世凱在戊戌變法時背叛了光緒的信任，在關鍵時刻背叛了皇帝。袁世凱擔心慈禧壹旦駕崩，光緒絕不會對他掉以輕心，於是趁機服藥，暗中毒死了光緒。
前清朝禦醫瞿桂庭在民國時期的雜誌《易經》第二十九期上發表文章說:光緒去世前三天，他最後壹次進宮見皇帝，發現已經逐漸好轉的光緒病情突然惡化，在床上打滾，大叫肚子疼。幾天後，光緒去世。醫師認為，雖然無法確定是誰殺了光緒，但可以肯定的是，光緒是被秘密殺害的。
因為這些傳言，光緒之死成為晚清歷史上的壹大謎團。那麽，光緒是怎麽死的呢？為了理解這個問題，有必要對光緒醫案進行深入系統的研究。
太監欺主，吞言。
中國第壹歷史檔案館收藏的《清代醫案》(又稱“脈案”)中有大量光緒皇帝的醫案。其中不僅有當年為光緒皇帝診斷、用藥的宮中大夫的檔案，還有光緒皇帝為了讓大夫們知道他確切的病史和癥狀，親自口述或書寫的“病證”，尤其是光緒皇帝去世前半年的“脈案”，相當完整。這些珍貴的原始診斷記錄為我們揭開光緒皇帝的死因提供了重要而可靠的依據。
從這些“脈案”中，我們發現光緒皇帝從小身體虛弱，失去了調理。他從小多病，長期遺精，關節炎嚴重，身體素質差。比如光緒皇帝自己在37歲的時候寫道:“遺精之癥，將持續20年。往年壹個月會發生十幾次。這幾年壹個月也就兩三次，冬天更嚴重。”“我的腿，膝蓋，腳踝總是很冷”，“壹點點冷風就會導致頭疼體熱”“耳鳴腦響已經持續了近十年”。光緒皇帝經常患感冒和脾胃病，用藥非常頻繁。體弱多病的壹個重要原因是長期營養不良。據光緒皇帝身邊的太監寇連才寫的《宮廷日記》記載，皇帝在宮廷的飲食非常豐富，菜肴往往有上百道。但因為光緒皇帝沒有權力，太監和廚師都忽悠他，經常把最後壹餐的剩菜拿出來。多年來情況越來越嚴重，以至於大部分菜都是變質發臭的道具。有時光緒皇帝會讓壹個宮女給他做壹個小爐子。慈禧太後知道後，更是訓斥他，說皇上不要這麽娘娘腔，把桌上的菜都沒吃完就開小竈。秦春·王宓有時想給光緒皇帝送飯，也是偷偷的，生怕慈禧太後和大太監知道。
慈禧鎮壓了光緒皇帝的抑郁癥。
除了身體虛弱，光緒皇帝的心理健康從小也受到了傷害。他4歲入宮，遠離親生父母。慈禧太後雖然是他的閉經(光緒皇帝的母親是慈禧太後的妹妹)，但對他要求非常嚴格，不僅要求他嚴格遵守各種宮廷禮儀，還嚴厲訓斥他，這讓他從小就感到孤獨，對慈禧極為畏懼。遇到壹只貓，他就焦慮不安，精神萎靡不振，很有可比性。
光緒十五年(1889)，光緒皇帝成年並舉行大婚儀式後，慈禧太後被迫宣布“重返政壇”，退居頤和園“養老”。沒有了慈禧太後每天在宮中的恐怖陰影，光緒皇帝的身體狀況開始好轉。根據病歷記載，光緒十五至二十四年間，服藥頻率相對減少。
但到了光緒二十四年年底，二十五年後，他的病情突然惡化，體質直線下降。如光緒二十五年正月初二的《脈案》寫道:“皇上脈象略數左寸，右寸重滑，細二尺，尤重。”面色發青發黃，左鼻孔腫痛逐漸消失，幹澀稍減。有時候會看到黑絲。”“飯菜不香，消化不快，精神不好，身體疲憊。”“下半身濕冷，大便幹結，小水頻。“從現代醫學的角度來看，光緒皇帝患有嚴重的神經官能癥、關節炎或骨結核，以及血液系統疾病。光緒二十六年，他的癥狀已經深入五臟，氣血兩虛，病情開始嚴重。
光緒年間政治鬥爭的失敗難以挽回。
身體狀況的突然惡化與當時的政治局勢有關。光緒二十四年，也就是1898春夏，光緒皇帝發動了戊戌變法，帶來了康有為、梁啟超等維新派。“戊戌變法”觸動了以慈禧太後為首的保守派的既得利益，形成了朝廷中“皇黨”與“後黨”的對立。9月6日，慈禧太後發動政變，囚禁光緒皇帝，逮捕並殺害“戊戌六君子”，重新聽政。政治上的失敗讓光緒皇帝進入了壹生中最壓抑痛苦的時期，從小種下的病根開始發作。
光緒皇帝被囚禁在瀛臺。不僅失去了自由，還受到慈禧太後多方面的羞辱和折磨。壹度甚至想廢了他。光緒皇帝終日擔驚受怕，束手無策。他曾感嘆:“我不如漢獻帝！”在這種長期的情況下，我終於精神崩潰了，舊病復發，越來越重，再也沒有恢復。
光緒死亡檔案揭開早逝之謎
可見慈禧太後的精神折磨其實是光緒皇帝的主因。即便如此，也不能說慈禧太後就是直接謀殺光緒皇帝的兇手，光緒皇帝不是因為被謀殺而猝死的。因為從光緒二十五年左右，光緒皇帝的病情突然加重，越來越重，壹直沒有好轉。光緒三十四年春後，得了絕癥，奄奄壹息。如果他不必被別人謀殺，他會死的。有光緒皇帝生前的《脈案》和他寫的《病原體》等大量醫案。
比如從禦醫曹寫的醫案來看，光緒三十四年三月九日，光緒皇帝病重，肝腎陰虛，脾陽虛，氣血虧損。治療中，感冒藥和溫燥藥都不能用，醫生無所適從。光緒三十四年五月，醫家陳炳俊甚至在《脈象案》中寫道“調理久無效”，表明醫家對光緒的放縱無能為力。到了那年九月，光緒皇帝的病情更加復雜多變，臟腑功能全部失調，去世只是時間問題。
光緒皇帝自己也為自己日益加重的病情非常焦慮。在他寫的“病原體”中，他多次指責醫生無能。光緒三十四年五月二十六日，他斥責神醫“老是吃藥不治標”，因病“性急”。七月初八，他告訴自己:“病情遷延，吃什麽藥總是無效，壹病未平，又壹病又起。”7月17日，他指責內科醫生“吃藥不僅是徒勞的，而且還在增加。就是因為藥和病不相符，所以是個錯誤！”到了八月初七，他甚至訓斥內科醫生:“每次看脈搏，怎麽能詳細檢查病情呢？”這只是壹個敷衍了事的名醫，何必如此草率！“等壹下。這些斥責反映了他當時的焦慮和絕望。
當時江蘇名醫杜也在其著作《德宗請脈》中詳細記載了光緒皇帝的病情。光緒三十四年七月，杜被招進京為光緒皇帝治病。7月16日，他第壹次去診所後，立即對大臣陸潤庠說:“我來這裏是想治好皇帝的病，贏得名聲。今天看來多半是徒勞，只能求無過而無功德。”可以看出，早在這個時候，杜就認為光緒的病已經沒有希望了。
光緒皇帝臨終時的狀況更能說明他的死因。從“脈案”來看，光緒三十四年十月十七日左右，光緒皇帝的病情進入了危急階段。16日出現肺部炎癥和心肺衰竭的臨床癥狀，病情極其危重。第二天，來了三個醫生，包括杜·。他們壹致認為，光緒皇帝是上實下虛，隨時有生命危險。據杜事後描述，光緒皇帝氣得口臭，哭著問他:“妳怎麽救我？”杜問:“皇上的凳子怎麽樣？”光緒皇帝說:“九天不明白，氣短心虛。”杜確診後，回到軍部開了藥方。病歷中曾有“虛實相生，恐有驟失”之說。大臣們說:“妳這樣寫病歷，不怕皇上害怕嗎？”阿杜:“這種疾病在四天內會很危險。如果我現在不寫，將來壹旦變得不平凡，我就不能對它負責，所以我必須寫。”
至10月19日，光緒出現胸悶、氣短、咳嗽不止、大便不通、呼吸停滯、濁氣減少、乏力等癥狀。(病歷:“中氣不足受損，上下不能收，以致上滿氣喘咳嗽，下不利排便。清氣不升，濁氣不降，全身昏昏欲睡！”)在這壹點上，醫生們壹致覺得“很難”。到了20日，光緒的眼皮微微睜開，流口水的嘴微微顫抖。(病歷:“眼瞼略白有露水，口流涎，唇動。”這就是現代所謂的中樞神經系統癥狀，說明有危險。那壹夜，光緒開始進入垂死狀態，四肢冰涼，雙眼上翻，牙關緊咬，不省人事。(病歷:“脈象如絲。”四肢冰冷，空氣滯留。我的眼睛向上看，我的知識丟失了。牙齒合上了，情況就要脫了。”)二十壹日中午，光緒的脈搏似乎沒有了，眼睛直視，嘴巴張開。(病歷:脈象“若無，直視，唇反鼻，陽散陰燥。“到了半夜，光緒皇帝進入彌留狀態，壹直持續到那壹刻，最後《玉龍做客》而死。
從現代醫學分析，光緒皇帝主要是肺結核、肝、心、風濕等長期慢性消耗性疾病，導致抵抗力下降，出現多系統疾病。死亡的直接原因可能是慢性心肺功能衰竭合並急性感染。從光緒書法《病源》、《脈案》中記載的病因、癥狀、死亡情況分析，發現他從病重到死亡，癥狀是逐漸演變的，沒有特別異常的癥狀，沒有中毒或其他外傷的跡象，也沒有突然猝死的跡象。應該是正常死亡，不是慈禧太後的傷害。但巧合有時候恰恰反映了歷史的宿命。光緒皇帝註定要壹輩子待在慈禧太後的陰影下。