在檢查確定新生兒驚厥原因開始後，應立即針對驚厥本身進行治療。選擇苯巴比妥，給予20mg/kg負荷量靜脈註射。若驚厥不停止，可每15分鐘給予5mg/kg，直至驚厥停止，或12小時後已給予最大劑量40mg/kg維持治療。劑量範圍為3 ~ 4mg/(kg·d)，可根據臨床反應和血藥濃度增加至5mg/(kg·d)。苯巴比妥必須靜脈註射，尤其是在驚厥反復或持續時。驚厥控制後，可口服苯巴比妥。苯巴比妥的有效治療濃度為15~40？g/ml(65~170？Mol/L)如需第二種藥物，可使用苯妥英鈉，負荷量為20mg/kg，僅新生兒靜脈註射有效。應分兩次緩慢靜脈註射(10mg/kg)，防止低血壓和心律失常。新生兒苯妥英中毒的體征很難發現，持續高濃度會有危害。
如果能測出血液濃度，風險就會降低。維持劑量將從5mg/(kg·d)開始，使用兩次。根據新生兒驚厥的臨床癥狀和血藥濃度，苯妥英的有效治療血藥濃度為10~20？g/ml(40~80？摩爾/升).應密切觀察使用抗驚厥藥的嬰兒。藥物過量會導致呼吸抑制，呼吸驟停會比驚厥本身更危險。抗驚厥治療必須持續到驚厥得到控制且未來驚厥的風險降低。
小兒驚厥類型為1，小發作:較其他類型多見，主要表現在頭面部，無肢體強直或陣攣。發作時運動現象輕微，驚厥微弱而有限，可表現為呼吸暫停、眼球偏斜、眼瞼抽搐、嘴唇顫抖、吸吮吞咽、瞳孔散大，有時伴有異常啼笑，或僅有植物人癥狀，有時伴有肢體‘蹬蹬’。
2.多竈性陣攣:這種驚厥是遊走性的，沒有固定的順序。發作時，陣攣運動迅速從壹個肢體轉移到另壹個肢體，或從壹側轉移到另壹側。長時局竈性陣攣運動在其他部位開始之前，局限於壹側肢體或同側的上下肢。
3.局竈性陣攣:這種驚厥始於壹側肢體或壹側面部，可波及同側其他部位。壹般是無意識的。發作時，可在中央溝附近發現局限性高振幅棘波，並可擴散至同側半球或對側的鄰近區域。輕微的局限性癲癇發作有時無法辨認，如壹側肢體或手指(趾)輕微震顫或僵直，肢體有奇怪的運動，如上肢鐘擺樣運動，雙下肢蹬地運動。
4.強直性驚厥:表現為全身拉伸、僵硬，伴有呼吸暫停和眼睛向上斜視，少數病例為全身強直性發作。這種類型在早產兒中更常見，這通常表明有機腦損傷。
5、肌陣攣:此型臨床少見，常提示彌漫性腦損傷，表現為上肢和/或下肢同時快速牽拉，腦電圖常無特殊形態異常。