但是，中醫現代化的發展方向如何？這也是中醫工作者不斷討論和爭論的焦點。因此，在中醫現代化的過程中，出現了壹些不同的觀點。
很多人認為中藥現代化就是了解中藥有效成分，搞植物提取物，進入世界主流醫藥市場，與國際接軌。甚至認為中藥現代化就是開發結構清晰、藥理作用明確的I類中藥。這在近幾年已經形成了壹些“共識”。由此，國家相關政策提出“中藥現代化就是要研發類似青蒿素的新的壹類中藥”“十五期間，重點支持三到五個結構明確、藥理作用明確的壹類中藥創新藥物的臨床研究”。
也有人認為，在這種觀點的指導下，中醫會逐漸演變成脫離中醫理論指導的“現代自然醫學”。如果這就是中醫的現代化，那麽在未來的發展中還有必要使用中醫嗎？中醫應該自然消亡嗎？這真是中醫的生死大事！因此指出，這實際上是中醫的西化，使中醫的發展走入誤區，正在把中醫逼上絕路。
所謂中藥，是指納入中醫理論體系，可以根據中醫理論使用的藥物。我們認為，中藥現代化是將最新的技術、手段、方法和設備融入到中藥的研究、生產和應用中，從而發展和完善中藥的過程。其目的不是將中醫西化為“西醫”。天江藥業發起的中藥配方顆粒和飲片改革項目，就凸顯了這樣的發展思路。中藥配方顆粒是在中醫藥理論的指導下，利用現代技術和設備改良而成。在充分保留原飲片口味和功效的前提下，既保留了中藥飲片的精華，又有進壹步的發展和補充，充分體現了“承古開新”的學術思想。適應了當今社會發展和醫學發展的需要。雖然反對的人和意見還很多，阻力還很大，但我們堅信，中藥配方顆粒的出現給中藥現代化帶來了曙光，已經——應該成為中藥現代化的壹個重要方向。
中醫和西醫是兩大醫療保健體系。兩者的理論和實踐完全不同，不能作為證偽的標準，西醫也不能作為中醫的歷史裁判所。應該改變長期以來對中醫的政策歧視，從政策、資金投入等多方面真正做到中醫與西醫同步。為了使中醫藥更好地國際化，我們必須在中醫藥的質量標準和規範方面，制定適合中醫藥並與西醫有明顯區別的標準。積極探索制定符合中醫藥特點、國際公認、能夠做到“安全、有效、穩定、可控”的中藥質量標準體系和評價體系。
中藥現代化和現代中藥科技產業化不僅是壹場新的中藥技術革命，也是壹場新的現代中藥文化運動。中醫藥現代化必須遵循中醫藥理論精髓和繼承中醫藥臨床實踐特色，吸收和借鑒人類生命科學發展的壹切成果和現代高科技手段，形成具有時代特征的中醫藥理論體系，為中醫藥研究和發展提供堅實的理論基礎；在推動中醫藥技術進步和技術創新的同時，凸顯其自然科學與人文科學相結合的獨特文化內涵。