不求名利，華佗得以專心研究醫學。“曾經”？6?1《華佗傳》說他“精通數經，知曉補天之術”，尤其是“精於方藥”。人們稱他為“神醫”。他曾將自己豐富的醫療經驗編成壹本名為《清囊經》的醫書，但未能流傳下來。但也不能說他的醫療經驗完全喪失了。因為他的很多成功的學生，比如以針灸聞名的範阿，寫了《本草》的，寫了《本草經》的李當之，都部分繼承了他的經驗。至於現存的華佗《中國藏經》，是宋人的作品，以他的名字出版。但也可能包括華佗作品中壹些仍然流行的內容。
華佗的高明之處在於他能夠批判地繼承前人的學術成果，並在總結前人經驗的基礎上創造新的理論。中國的醫學在春秋時期取得了輝煌的成就，扁鵲對生理和病理的解釋就是壹個偉大的成就。華佗的知識可能是從扁鵲的理論發展而來的。與此同時，華佗也同時對張仲景的理論進行了深入的研究。當他讀到張仲景的《傷寒論》第十卷時，高興地說:“這本書真是壹本活書”，可見張仲景的學說對華佗的影響之大。華佗沿著前人開辟的道路，腳踏實地地開辟了壹片新天地。比如當時他發現了體外擠壓心臟的方法和口對口人工呼吸的方法。這樣的例子很多。最突出的是發明了麻醉——喝麻粉，創造了運動療法“五禽戲”。
華佗之前有壹些具有麻醉性質的藥物被用作麻醉劑。然而，它們要麽用於戰爭，暗殺或操縱，但它們並不真正用於手術。華佗總結了他在這方面的經驗，觀察人喝醉時的睡眠狀態。他發明了用酒服麻沸散的麻醉，正式用於醫學，從而大大提高了外科手術的技術和療效，擴大了外科治療的範圍。據日本外科醫生華鋼青州考證，麻沸散由洋金花壹升，草烏、當歸、白芷、川芎各四元，炒南星壹元組成。自從引入麻醉後，華佗的外科手術變得更加復雜，治愈了更多的病人。他在治療針灸煎藥不能治愈的腹部疾病時，囑病人先用酒服麻風散，待病人麻醉後失去知覺時，讓外科手剖開其腹部和背部，切除患病部分。如果病在腸胃，就切開洗幹凈，然後縫合，塗藥膏。傷口四五天就好了，壹個月左右病就好了。華佗當時已經可以進行腫瘤切除、胃腸縫合等外科手術。有壹次，有個病人推著手推車，彎著腳喊肚子疼。很快，呼吸微弱了，疼痛的聲音也漸漸淡了。華佗把脈按腹，斷定病人患的是腸癰。由於病情兇險，華佗馬上給病人用酒灌了“馬飛散”，麻醉後又給了他壹刀。經過治療，患者在壹個月左右康復。他的外科手術受到了幾代人的高度贊揚。明代陳嘉謨的《本草綱目》引用《歷代名醫圖贊》中的壹句詩來概括:“魏設瘡部，以去骨治病，多有奇效”。可見，已故佛祖華佗是名副其實的“外科鼻祖”。
“五禽戲”是壹套可以拉伸全身肌肉和關節的醫療體操。華佗認為“人體要工作，...血液循環，病不可生，如胡舒，終不死。”五禽戲的動作是模仿老虎的拍打前肢，鹿的頭頸伸展，熊的虛脫，猿的腳趾垂直跳躍，鳥的翅膀展開等等。相傳華佗在許昌(縣名，在河南省)時，每天指導許多瘦子在空地上做這個體操。他說:“妳可以經常鍛煉身體，以擺脫疾病，有益於妳的腳和腳作為指南。如果身體不開心，就會扮演小鳥的角色，心情愉悅，汗流浹背。因粉，身輕欲食。”