(2)抗病毒藥物:可用5%鄰苯二甲酰胺乳膏，或0.25%皰疹乳膏外用，每日2次。口服阿昔洛韋，每次200mg，每日5次，或外用其軟膏，註射幹擾素-α，每日300萬單位，每周5天。或幹擾素300萬單位註入疣基，每周兩次。2-3周，主要副作用為流感樣綜合征，局部用藥副作用較少且輕微。有可能的話可以選擇優力康和龍力優凈。
(3)腐蝕劑或消毒劑:常用30%-50%三氯乙酸或飽和二氯乙酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化苯酚和75%乙醇蒸餾水的混合溶液，每日或隔日壹次外用於龜頭和肛周濕疣處，效果很好。消毒劑可用20%碘酊外用，或疣基部註射2.5-5%碘酊，每次0.1-1.5ml，或新潔爾滅或0.1-0.2%外用，後者應配合全身治療。
(4)抗癌藥① 5-氟尿嘧啶(5-F u):壹般外用5%軟膏或乳膏，每日2次，3周為壹療程。用2.5%~5%氟尿嘧啶濕敷治療陰莖及肛周尖銳濕疣，每次20分鐘，每日1次，6次為1個療程。也可用聚乙二醇作基質，加入占其幹物質5%的5- F u粉末制成栓劑，用於治療男女尿道尖銳濕疣，也可將5- F u註入基質中，多種可分批註射。
②泰替派:主要用於5-F u治療無效的尿道內尖銳濕疣，每日使用栓劑(每粒含15mg)8天，或可將本品60mg加入10-15ml無菌水中，每周滴入尿道半小時，有尿道炎副作用。也可以用本品10mg加10ml浸泡患處，每日三次，每次半小時，治療陰莖尖銳濕疣和龜頭濕疣，主要針對其他治療後仍有疣殘留或復發者。也可以將這種溶液稀釋兩次，局部浸泡，防止復發。
秋水仙堿:外用2-8%生理鹽水溶液，分兩次，間隔72小時，治療陰莖尖銳濕疣，塗後可出現淺表糜爛。
抗皰疹和尖銳濕疣藥物種類繁多，治療機制也不盡相同。使用不當會加重肝臟負擔，應選擇性使用。在應用抗病毒藥物的同時，也要註意找出導致肝腎功能不佳的副作用，標本兼治，達到保護健康、清除體內病毒的目的。①自體疫苗法:將患者自身疣組織勻漿(融冷滅活病毒)，加熱(56℃壹小時)取上清液註射，可用於頑固性肛周尖銳濕疣。
②幹擾素誘導劑:可使用聚肌細胞和酪龍。聚肌細胞每天註射2 ml，持續10天，停藥1-2個月後繼續用藥。替羅隆300 mg，每日3次，停藥4天，或隔日口服600 mg。
③幹擾素、BCG-ⅱ、靈黴素、利百多聯合應用，療效較好。外治法主要有兩個目的，壹是去除肉眼可見的增生性疣，二是從外部去除殘留和潛伏的濕熱毒邪。中醫的外治法有幾種。
(1)適量晶漿、石灰水、糯米。將糯米用石灰石水浸泡24-36小時，將糯米搗成糊狀待用，將糊狀物直接塗於疣體上，每日1次，直至疣體脫落。
註意保護好周圍的正常皮膚。
(2)鴉膽子制劑通常由單味鴉膽子或其復方制成油、膏、軟膏，直接塗抹疣使其枯萎脫落。有壹定的刺激性，要註意鴉膽子的重量和用法。
(3)在火針局部麻醉下，將疣從疣的頂部直接刺至疣基部的底部。根據疣的大小，每個疣1-3次，直到脫落。
(4)將外洗濕疣的虎杖、龍膽草、大黃各30克，赤芍、石榴皮、枯礬、莪術、紫草各20克，煎成2000毫升水微濕，擦洗疣體65438±05-20分鐘，每日2次。
(5)艾灸局部麻醉後，將艾炷放在疣上，讓其燃盡，視疣的大小而定，每次1-3個，每日1次，直至疣脫落。