臨床上，隨著治療後甲亢癥狀的改善，部分患者突眼可得到改善，部分患者治療後甲亢癥狀可得到改善，突眼可加重。壹般情況是疾病從發病到穩定緩解的自然病程，壹般為6個月至3年。發病後4 ~ 12個月內突眼最嚴重，發展趨向自行停止。1 ~ 3年後半數患者可消退，軟組織受累癥狀可減輕或消失，但突眼很少恢復正常，壹般遺留壹定程度的眼瞼收縮和消失。
甲狀腺相關眼病患者應註意的問題是控制和避免病情加重。患者應註意以下幾點:
嚴格戒煙。大量研究表明，吸煙會明顯加重眼疾的病情。
睡覺的時候枕頭比較高。這樣可以緩解靜脈回流受阻引起的眶壓升高，緩解眼部癥狀。
在強烈的陽光下外出時戴上太陽鏡，以減少刺激癥狀。
如果睡眠時角膜暴露，應在睡前塗眼膏。這樣可以預防暴露性角膜炎。
治療方法
由於該病病因不明，目前治療方法雖多，但以對癥治療和減少並發癥為主。甲狀腺相關眼病的病程壹般分為兩個階段，即活動期和靜止期。
對於活動期患者，治療方法包括:局部治療。註意眼部休息，戴墨鏡，避免強光和各種外界刺激；如果眼睛沒有完全閉上，睡前塗上抗菌眼膏，戴上眼罩，保護結膜和角膜；使用單側眼貼減輕復視，平躺在枕頭上，控制鹽的攝入，交替使用抗菌滴眼液(軟膏)和可的松滴眼液。口服激素，如潑尼松龍。球後放射治療。當大劑量皮質類固醇無效或不能使用皮質類固醇時，可獲得較好的療效。
有暴露性角膜炎、視神經萎縮等嚴重並發癥的患者，或處於休息狀態、外觀明顯受損的患者，可考慮采取手術治療。該手術方法包括:
去除眶骨壁減壓和去除眶脂肪減壓可使眼球明顯後退，緩解眶壓。
上瞼下垂過度，上瞼退縮明顯的患者，可采用上瞼提肌延長術改善外觀。
如果復視癥狀嚴重，斜視可以在病情穩定半年後矯正。