①抗結核藥物治療。抗結核藥物治療對90%的女性生殖器結核有效。藥物治療應遵循早期、聯合、規律、適量、全程的原則。過去以1.5 ~ 2年為壹個長療程。近年來，異煙肼、利福平、乙胺丁醇、鏈黴素、吡嗪酰胺等與抗結核藥物聯合使用，使療程縮短至6 ~ 9個月，取得了良好的效果。治療方案可以參照肺結核的治療方法。
②支持療法。急性患者至少要休息3個月，慢性患者可以做壹些工作和學習，但要註意勞逸結合，加強營養，適當參加體育鍛煉，增強體質。
(2)手術治療。以下情況應考慮手術治療。
①藥物治療後盆腔包塊縮小，但不能完全消失。
(2)治療無效或治療後反復。
③盆腔結核形成較大腫塊或較大包裹性積液。
④子宮內膜結核嚴重，子宮內膜廣泛破壞，藥物治療無效。
為避免術中感染擴散，減少粘連，提高術後治療效果，術前術後應使用抗結核藥物。全子宮切除術和雙側闌尾切除術適用於該手術。年輕女性應盡量保留卵巢功能；對於病變局限於輸卵管且渴望生育的，雙側輸卵管切除術可行，保留卵巢和子宮。雖然生殖結核經過藥物治療取得了不錯的效果，但是治療後的妊娠成功率極低，輔助生殖技術幫助妊娠是可行的。由於生殖器結核引起的粘連往往廣泛而緊密，術前應口服腸道消毒劑和清潔灌腸，術中註意解剖關系，避免損傷腸道。