積極尋找病因，對癥治療。慢性期以保守治療為主，對爆發性或內科治療效果差的病例可采取手術治療。
(2)中醫辨證論治
1.熱毒熾盛，濁氣難分。
濕熱重，治法不當，濕熱蘊毒，中焦不通，濁不清，瀉多，熱毒入血，癥見高熱，煩渴，小便短赤，淋多或大便溏蛋，舌紅，脈細或細。本方以葛根芩連湯加減。
2.實熱耗陰，與濁難分。
由於患者體內陰虛，或產後、術後氣血兩傷，濕熱毒邪久治不愈，陰血耗傷。而且由於腹瀉後陰損過多，陰虛之體日漸衰微，熱毒之象日甚壹日，病情危急。午後潮熱，口渴或不願吃喝，顴骨紅，五心煩，小便短赤，舌紅，脈數。方劑以青蒿甲魚鱉甲湯加減。
3.脾虛濕盛，清濁。
脾虛、濕阻氣滯、脾虛濕盛與痰濁難分。神倦懶，食少而平淡，渴而不欲飲，腹瀉，大便頻繁，舌苔白，脈沈細。本方以沈淩白術丸加減。
4.脾腎兩虛，陽虛。
因為澆多了，陰會死得多，陰竭了，就沒有陽的依附，造成陰竭陽脫。肢冷、消瘦、肢冷、惡寒、腹脹、脈微斷腸。本方以四逆湯、申思湯加減。
(3)西醫治療
1.內科治療
(1)臥床休息和全身支持治療包括液體和電解質平衡，特別是補鉀，低鉀血癥患者要糾正。同時要註意蛋白質的補充，改善全身營養狀況，必要時給予全胃腸外營養支持，貧血者要輸血，胃腸道攝取時盡量避免牛奶和奶制品。
(2)藥物治療①柳氮磺胺吡啶水楊酸制劑為主要治療藥物，如艾迪沙、美沙拉嗪等。②皮質類固醇常用潑尼松或地塞米松，但不認為長期激素維持可以防止復發。
2.外科療法
20% ~ 30%的重度慢性結腸炎患者最終需要手術治療。
(1)手術適應證立即手術的適應證為:①大量不可控制的出血；(2)中毒性先天性巨結腸伴鄰近或明確穿孔，或中毒性先天性巨結腸經數小時治療無效；(3)用類固醇激素治療4-5小時，癥狀無改善的暴發性急慢性結腸炎患者；④狹窄性梗阻患者；⑤疑似或確診結腸癌患者；⑥難治性慢性結腸炎，反復發作，慢性癥狀持續，營養不良，虛弱，不能工作和參與正常的社會活動和性生活；⑦當類固醇激素劑量減少時，病情會立即惡化，以致數月甚至數年不能停止激素治療；8兒童患慢性結腸炎，影響生長發育時；⑨嚴重的結腸外表現如關節炎、壞疽性膿皮病或肝膽疾病等。，手術可能對他們有影響。
(2)手術的選擇目前慢性結腸炎的手術有四種。①全結腸切除和回腸造口術；②全結腸切除術和回直腸吻合術；③可控回腸造口術；④全結直腸切除回腸貯袋肛門吻合術。