水稻苗床棉腐病可在發現中央病株後，及時用800-1000倍的25%甲霜靈可濕性粉劑溶液或1000倍的硫酸銅溶液處理，並均勻噴灑。此外，每畝施用草木灰L5-25kg也有壹定的防治效果。大多數發生在幼苗期，從落針期到2葉期。病苗心葉發黃，葉片不展開，基部褐色，葉鞘上有時有褐色斑點，病根逐漸變為黃褐色。種子與幼苗基部連接處有壹層黴變層，莖基部較弱，易折斷。該病常發生在幼苗2.5葉期左右。主要現象是葉尖不吐水，葉片發黃，空洞迅速擴大，葉片呈香煙狀態，最終會導致全株枯萎。
對於有生理性病害和藥害的水稻苗床，在使用上述殺菌劑時，可加入適量的植物生長調節劑如油菜素內酯，以提高秧苗素質，減輕病害和藥害。精心選種、晾曬種子，完善催芽技術，適時播種，密度有距離，水溫穩定，防止提前噴藥防青枯病，做好防寒、保溫、通風，提高苗木抗癌能力。成熟的菌核在患病的稭稈或土壤中越冬，種植時附著在幼苗基部，從傷口或葉鞘基部侵入並寄生有菌絲。病原菌為弱寄生真菌，喜高溫高濕，故穗期為害較前壹期重，稻飛虱較多的田間病害較重。