合理治療是指對活動期患者早期、聯合、適當、規律、全程使用敏感藥物的原則。早期病竈處於滲出期，或有壞死和空洞。早期用藥可以起到殺菌或抑菌的作用。治療結核病只用壹種藥物，容易產生耐藥性，建議聯合用藥。劑量要合適，劑量不足，病竈內藥物達不到有效濃度，很難完全殺滅細菌。藥物濫用或用量過大不僅會造成浪費，還容易產生毒副作用。此外，在治療過程中，要特別註意整個用藥過程的規律，避免遺漏或中斷。療程不足、治療不徹底增加復發率。
抗結核藥物也有壹定的毒性，其中最主要的是肝毒性，表現為血清轉氨酶和膽紅素升高，部分患者甚至不得不停止治療或調整用藥方案。因此，在治療期間定期檢查肝功能是非常必要的。肝泰樂是傳統的保肝藥物，可與抗結核藥物同時使用。最近有文獻報道甘草酸二銨對抗結核藥物引起的肝損傷有明顯的保護作用，其效果優於肝泰樂。合理用藥，重視抗結核藥物毒副作用的防治，壹般可使患者痰菌陰轉率達到95%以上，停藥五年後復發率小於2%。
近年來，該病的發病率和死亡率呈上升趨勢，原因之壹是部分患者沒有采用合適的聯合用藥方案，或間斷用藥。因此，在1997，世界衛生組織提出了DOTS行動計劃，即“在醫護人員(或家屬)的監督/直視下的短期化療”，中國也開始采用，有望提高治愈率。