言歸正傳，孫思邈看病經常不收費，沒錢就去山裏采藥，就是學醫術和草藥鑒定。他的名聲就這樣傳開了，他才20歲就出名了。住在京兆附近的人經常來這裏請他看病。
孫思邈認為學醫不僅要看醫書，還要從道家那裏了解“五行”與人體的關系。所以除了醫書，他還把儒、道、佛三部經典都讀了壹遍。年輕的時候，我成為了壹個精通儒釋道的博學之士。
到了中年，當時統治階級之間的勾心鬥角，互相廝殺的伎倆令他厭惡，加上道家避世思想的影響，孫思邈決心隱居學藝。
37歲左右，他離開家鄉，隱居太白山和鐘南山數十年。在此期間，孫思邈閱讀了大量的醫學著作，包括《黃帝內經》、《神農本草經》、《針灸A-B經》、《傷寒論》等中醫名著，還研讀了莊老的經典，學習周易占蔔和陰陽推理。吃喝的生活讓他的氣質更加超然脫俗，不像常人。
他雖然隱居深山，但來看他的人還是絡繹不絕，而且往往是患有慢性病和不治之癥的人。畢竟見他壹面不容易，正好給他壹個深入研究慢性病的機會。他開始從患者身上尋找疾病的本質，思考道家養生方法。
孫思邈是壹位非常有創造力的醫生。他靈活運用自己淵博的醫學知識和道家學術，想出了許多全新的治療方法。比如他發現山裏的飲食缺鹽，然後他就聯想到鹽多的地方。他很少見到癭病，俗稱粗頸病，也就是我們現在的甲狀腺腫。他懷疑缺鹽是山裏人容易患甲狀腺腫的主要原因，於是嘗試用海藻等復合海洋動植物的甲狀腺來治療，病人果然大獲成功。
再比如最初用草藥餵食用牛再用牛奶治病，用動物肝臟治療眼疾，發明下頜關節脫位手法復位，洋蔥葉導尿，食道異物取出術等等。
在這段隱居期間，孫思邈結合自己以前的醫術和自己多年的從醫經驗，編出了《千金要方》。他相信人比壹千個女兒更有價值，壹個藥方可以使人脫離危險，所以他把它命名為“壹千個女兒的藥方”。這本書不僅總結了唐代以前的藝術知識，而且在“大醫精誠”和“大醫精學”之初就奠定了中醫的倫理基礎。
此外，孫思邈壹直非常重視婦幼疾病的研究。該書強調設立婦幼專科的意義，對宋代婦科和兒科的建立產生了很大影響。
此時，孫思邈的名聲不僅響徹山野，還傳到了京城。隋文帝、唐太宗和唐高宗多次許諾高官厚祿，但他無心名利，壹心學醫，都拒絕了。
但是達官貴人經常向他求醫，所以他經常往返於京城和大山之間，沒有因為路途遙遠和病人嬌弱而有任何不滿，完全平等。所以從貴族到平民，都更加尊敬他。當時的大學者宋，著名學者，初唐四傑之壹的魯，對他都是以師從之禮。
公元674年，孫思邈上書高宗，因病辭官，返回山林。孫思邈壹生沒有擔任任何官職，本應來去自如，但晚年基本住在北京，因為皇室經常召他，他年紀大了，無法繼續往返兩地。同時，他也覺得早年寫的《壹千塊錢給黨》這本書不夠完善，想回到山裏安心寫書。
就在這樣半隱居的情況下，他把自己晚年30多年收集的方劑和經驗進行了整理和總結，編成了《千金方毅》，是對《千金方耀》的補充。這兩本書傾註了他壹生的心血，收集了中醫的知識。可惜幾經戰亂，前進方毅不復存在，現在的版本是從日本引進的，與原版相差很大。他在生命結束前完成了這本書，它的實施是中醫界的巨大損失。
書寫完不久，孫思邈就去世了。晚年的孫思邈精通天文、地理、醫道、陰陽占蔔，對事物的發展變化有著深刻的洞察力，甚至達到了出神入化的地步。人們私下說他已經是半個神仙了。他死後，世人為了紀念他，把他曾經隱居的山林改為“王耀山”，並在此修建了王耀廟。
孫思邈壹生致力於醫學研究，以救死扶傷為己任，以慈悲心對待每壹位患者。在他生命的最後幾年，他還在努力為後人留下更多的作品。他嚴格要求自己按照自己的“大醫精誠”行醫，高尚的醫德足以百年。