1.如果腎囊腫直徑小於2 cm，對腎盂、腎盞無明顯壓迫，無感染、惡變、高血壓，或癥狀不明顯，只需密切隨訪觀察，定期b超復查。
2.腎囊腫可采用穿刺引流治療，適用於直徑4 cm時伴囊內感染的腎囊腫。
3、穿刺引流加硬化劑治療，(穿刺對囊腫有害)適用於囊腫直徑大於4 cm，有癥狀，經檢查排除惡性感染的患者。局部皮膚感染和有嚴重出血傾向的患者不能使用此方法。
4、腎囊腫的手術治療，(手術治療風險高，易復發)適用於囊腫合並感染，穿刺引流治療失敗。囊腫惡變。針刺硬化劑治療失眠。巨大腎囊腫。嚴重的心、肺、肝、腎功能不全不能耐受手術，對惡性囊腫和遠處轉移的患者禁用此法。腹腔鏡手術是腎囊腫的外科治療方法之壹，其效果尤為顯著。
5.腎囊腫中醫“腎囊蕭中方”的治療方法(中醫不復發)適應於囊腫直徑小於6 cm的情況。特色中藥抑制囊腫內液體的分泌，使已形成的囊腫縮小，以避免增大增大的囊腫對腎臟的壓迫，並能防止囊腫再次長大。