由於柑橘黃龍病是檢疫性病害，發病後沒有有效的防治方法。所以防控措施中最重要的是把檢疫措施放在第壹位。根據相關檢疫法律法規要求，嚴禁從疫區調運苗木，防止病苗傳入無疫區；在新開發的無病柑桔園，對調入新區的柑桔苗和接穗要進行嚴格的檢疫。第二，建立相對隔離的無病種苗繁育基地。基地必須位於非疫區，不能有毒蟲——木虱；砧木種子應從無病樹上采集，用50 ~ 52℃熱水浸泡5分鐘，再用55 ~ 56℃熱水浸泡50分鐘；接穗應采自經鑒定無毒的高產優質母樹。如果在病區建園，應在全株完全拆除1年後進行。第三，加強栽培管理，使枝葉采摘整齊，防治柑桔木虱。在每個發芽階段，用800倍的90%敵百蟲晶體或400倍的25%亞胺硫磷乳油、200倍的蛋白質和15 ~ 20倍的松節油混合物進行防治。第四，如發現病樹，應及時向檢疫部門報告，並及時挖出病樹。把整個重病花園挖出來。四環素也可用於治療輕癥樹木，但效果不佳。方法是在樹幹根部鉆壹個孔，深度約為樹幹直徑的2/3，然後用加壓註射器從孔口註入藥液。每棵成年樹註射0.001鹽酸四環素溶液2 ~ 5升。
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