甜瓜霜黴病可噴嘧菌酯、烯酰嗎啉、春雷黴素，也可噴甲霜靈錳鋅、銀法利、霜脲氰錳鋅、惡草酮霜脲氰、中生黴素。
甜瓜根腐病可以通過用甲霜靈、乙蒜素和甲卡西酮，或枯草芽孢桿菌，用甲霜靈和腐植酸葉面肥，或銅絡合物，或甲基氯化苦或五氯硝基苯灌根來預防和控制。