對於反復的尿路感染，首先要確定是重新感染還是復發：
重新感染是指治療後癥狀消失尿菌陰性，但是在停藥六周後再次出現真性細菌尿，菌株與上次不同，稱為重新感染。多數病例有尿路感染的癥狀，治療方法與首次發作相同，對於半年內發生兩次以上者可以應用低劑量的劑量的抑菌治療，系每晚臨睡前或排尿後服用小劑量抗生素壹次，比如復方黃安甲惡唑，壹到兩片，或者是呋喃妥因五十毫克到壹百毫克或者氧氟沙星二百毫克，每七到十天更換藥物壹次，連用半年。
復發是指治療後癥狀消失，尿菌轉陰後在六周內再次出現菌尿，菌種與上次相同稱為復發，復發且為腎盂腎炎者，特別是復雜性的腎盂腎炎，在去除誘因比如結石、梗阻、尿路異常等的基礎上，應按照藥敏結果選擇強有力的殺菌性抗生素，療程不少於六周，反復發作者給予長程低劑量的抑菌療法。