按物流信息系統的功能分類 事物處理信息系統、辦公自動化系統、管理信息系統、決策支持系統、高層支持系統、企業間信息系統； 按管理決策的層次分類 可分為物流作業管理系統、物流協調控制系統、物流決策支持系統； 按系統的應用對象分類 面向制造企業的物流管理信息系統、面向零售商、中間商、供應商的物流管理信息系統、面向物流企業的物流管理信息系統（3PLMIS) 、面向第三方物流企業的物流信息系統； 按系統采用的技術分類 單機系統、內部網絡系統、與合作夥伴、客戶互聯的系統