1954年10月，江蘇省中醫院成立，地點在南京市碑亭巷石婆婆庵8號。
1955年3月，遷至現址漢中路155號。
1955年底，醫院2213㎡的三層病房樓建成投入使用，設立住院部，床位56張。
1958年9月，為南京中醫學院附屬醫院。
1966年2月，與省中醫研究所合署辦公，院所領導幹部相互兼職。
1970年5月，南京中醫學院附屬醫院易名為江蘇新醫學院第壹附屬醫院。
1978年5月，恢復南京中醫學院附屬醫院名稱。
1986年12月，省中醫研究所分開開展工作。
1993年5月，建設面積15000㎡的17層病房大樓竣工並投入使用。
1997年12月，醫院被省政府批準為副廳級的全民事業單位。
2001年底，建設面積25300㎡的西病房樓投入使用。
2003年10月，征購南京石晶電器廠2079㎡的舊廠房用地。
2004年10月，南擴工程批準立項，並列入“十壹五”省政府重點項目。
2005年10月改擴建的新門急診大樓投入使用。
2008年12月，南擴工程主體綜合大樓順利封頂。
2009年9月，門急診大樓二次擴建開工建設。
2011年12月，南擴工程全面竣工投入使用。