男性患者好發於包皮系帶、冠狀溝、包皮、尿道、陰莖、肛門周圍和陰囊。尖銳濕疣早期癥狀的病初為淡紅或汙紅色粟狀大小贅生物，性質柔軟，頂端稍尖，逐漸長大或增多。可發展成乳頭狀或囊狀，基底稍寬或有帶，表面有顆粒。在肛門部常增大，狀如菜花，表面濕潤或有出血，在顆粒間常積存有膿液，散發惡臭氣味，搔抓後可繼發感染。
尖銳濕疣早期癥狀位於濕度較低幹燥部位的生殖器疣，損害常小而呈扁平疣狀。位於濕熱濕潤部位的疣常表現為絲狀或乳頭瘤狀，易融合成大的團塊。有嚴重肝病的患者尖銳濕疣可增大。妊娠可使尖銳濕疣復發或生長加快。
多數患者壹般無尖銳濕疣早期癥狀。損害大小及形狀不等。可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害：在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味;有時小的濕疣可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內尖銳濕疣可發生疼痛、便血，而直腸內大的濕疣則可引起裏急後重感的尖銳濕疣早期癥狀。