食物與食物的配伍也有壹些禁忌。雖然道理並不充分，但在藥膳的應用上保持謹慎，將其作為重要參考，似乎還是合適的。這些禁忌是:豬肉要忌蕎麥、豆瓣醬、鯉魚、黃豆；羊肉忌醋；狗肉忌蒜；鯽魚忌芥末、豬肝；豬血忌黃豆；豬肝忌蕎麥、豆瓣醬、鯉魚腸、魚肉；鯉魚忌狗肉；龜肉忌莧菜、酒、水果；鰻魚忌狗肉和血；麻雀肉忌豬肝；鴨蛋忌桑葚、李子；雞肉忌芥末、糯米、李子；龜肉忌豬肉、兔肉、鴨肉、莧菜、雞蛋。
藥膳中的藥物配伍禁忌遵循《中藥學》理論，壹般指“十八反”和“十九畏”。“十八反”的具體內容是:甘草、大戟、海藻、芫花；川烏、瓜蔞、半夏、白蘞和白芨；藜蘆、沙參、丹參、玄參、苦參、阿莎麗和芍藥。“十九怕”的具體內容有:硫磺怕硝，水銀怕砒霜，狼毒怕立陶宛，巴豆怕牽牛花，丁香怕姜黃，川烏，草烏怕犀角，牙硝怕三棱柱，官圭怕赤石脂，人參怕五靈脂。